霍山石斛叶转录组中SSR位点信息分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 洪克前

作者： 洪克前;夏维丽;李佩玲;徐函兵;谷会;陈丽

作者机构：

关键词： 霍山石斛;转录组;多态性;SSR;标记开发

期刊名称： 中国农学通报

ISSN： 1000-6850

年卷期： 2020 年 027 期

页码： 106-110

收录情况： CSCD

摘要： 开发霍山石斛简单重复序列(SSR)分子标记,为霍山石斛遗传多样性和种质资源鉴定的研究提供技术支撑.利用Illumina HiSeq X10平台对霍山石斛叶片进行转录组测序,Microsatellite(MISA)软件分析霍山石斛转录组SSR的分布频率和重复基元的类型特征,软件Primer 5设计引物.从202080条Unigene中搜到43291个SSR位点,分布在36382条Unigene序列中,发生频率为18.00%,平均每6.08 kb含1个SSR位点,共有463种重复基元,单核苷酸重复占主要地位,发生频率为47.62%,在所有重复基元中,A/T出现频率最高(47.06%).试验共获得13960条SSR引物.

分类号： S567.239

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