ssc-miR-486靶基因预测及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张秀秀

作者： 张秀秀;黄万龙;郭云涛;苗向阳

作者机构：

关键词： ssc-miR-486;生物信息学;脂肪沉积;猪

期刊名称： 华北农学报

ISSN： 1000-7091

年卷期： 2016 年 31 卷 05 期

页码： 62-70

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 通过对ssc-miR-486进行靶基因预测及生物信息学分析,以探索其影响猪脂肪沉积的作用机制。首先利用实时荧光定量PCR技术对脂肪沉积能力相差较大的莱芜猪和大白猪皮下脂肪组织中ssc-miR-486表达情况进行比较研究,然后利用miRBase、Ensembl、NCBI等数据库及miRanda、PITA、RNAhybrid、Cytoscape、JASPAR、Promoter Scan等软件对ssc-miR-486进行生物信息学分析,包括保守性分析、转录因子结合位点预测、靶基因预测、GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。结果表明,ssc-miR-486在脂肪沉积能力较强的莱芜猪皮下脂肪组织中发生显著上调。生物信息学分析结果发现,miR-486在各物种间非常保守,ssc-miR-486启动子区域有SREBP1、SREBP2等多个转录因子结合位点,获得的229个靶基因显著富集于脂质代谢、脂质生物合成、细胞代谢等生物学过程及类固醇生物合成、磷脂肌醇代谢、PPAR等信号转导通路中。结果表明,ssc-miR-486参与了猪脂肪沉积或脂肪代谢的调控,为今后研究脂肪沉积提供基础理论支撑。

分类号： Q811.4`R589.2

  • 相关文献

[1]MSTN敲除对肌肉增强因子2(MEF2C)和miR-222表达调控的影响. 肖伟,蔡刚志,华再东,任红艳,朱喆,肖红卫,郑新民,顾玉芳,毕延震,杨玉莹. 2019

[2]苏钟猪脂蛋白脂肪酶的组织表达谱及其生物信息学分析. 付言峰,李碧侠,李兰,方晓敏,王学敏,任守文. 2012

[3]通过普通转录组测序挖掘调控松辽黑猪脂肪沉积的关键lnc RNA及其靶基因. 刘怡冰,邢凯,敖红,翟丽维,张丰霞,余健,刘华涛,石咏,马骏,王楚端. 2021

[4]猪甲状腺激素应答Spot14基因编码区多态性与猪产脂能力的关联性. 周倩倩,陈宏权,魏汉卿,秦婕,陈华. 2011

[5]猪SGK家族基因的生物信息学分析及其在猪脂肪组织和细胞中的表达. 陈川河,刘嘉莉,张立兰,赵莹,陶聪. 2022

[6]大白猪和莱芜猪肌内脂肪组织circRNAs的鉴定与分析. 李嫒,张秀秀,黄万龙,解领丽,苗向阳. 2018

[7]基于高通量转录组测序技术构建猪脂肪沉积的lncRNA和miRNA相关ceRNA调控网络. 刘怡冰,邢凯,敖红,翟丽维,刘华涛,赵卿尧,石咏,李航,马福平,王楚端. 2022

[8]高低肌内脂肪猪背最长肌关键基因表达差异分析. 谭娅,李亮,雷宇航,黄志洋,赵春萍,张静,张正群,齐婧,朱砺,史开志. 2022

[9]猪脂肪沉积和胚胎附植期FTO基因的表达及碱基突变检测. 付言峰,李兰,Robert V.Knox,李碧侠,方晓敏,任守文. 2018

[10]猪Gli1基因的克隆、表达谱分析及脂肪组织特异性表达载体的构建. 林佳丽,沈良才,潘登科,张瑾. 2012

[11]猪蛋白酪氨酸磷酸酶-1B基因第7内含子多态性与猪脂肪沉积性状的关联性. 王丽霞,魏金涛,冉志平,钱运国,喻婷,熊远著. 2012

[12]猪脂肪沉积候选基因AOC3、PPARG1及SOD3 DNA甲基化差异研究. 张恬,张龙超,王立刚,王立贤. 2016

[13]脂质代谢相关基因在非酒精性脂肪肝实验猪中的研究进展. 马胜伟,陈一帆,涂尾龙,蒋玮,朱丽慧,吴潇. 2023

[14]猪NR1H3基因可变剪接体的克隆及表达特性研究. 张雪莲,晋大鹏,吴怡琦,李文霞,秦本源,蔡春波,高鹏飞,郭晓红,李步高,曹果清. 2020

[15]恶性高温综合征患猪基因表达变化及生物信息学分析. 方晓敏,涂枫,任守文,王学敏,李碧侠,付言峰,赵为民,赵芳. 2014

[16]猪Toll样受体4基因(TLR4)外显子SNP检测及生物信息学分析. 刘筱,方晓敏,任守文,李碧侠,王学敏. 2011

[17]猪CAPN2基因的生物信息学分析. 王学敏,李碧侠,任守文. 2008

[18]猪CD4基因多态性及生物信息学分析. 许金根,赵磊,顾有方,李升和,李庆岗. 2018

[19]去势对淮南猪皮下脂肪PPAR信号通路基因表达量的影响. 王璟,白献晓,张家庆,高彬文,陈俊峰,高原,任巧玲,马强,郭红霞,梁永红,邢宝松. 2016

[20]饲料中添加氯化胆碱对草鱼成鱼生长、脂肪沉积和脂肪代谢酶活性的影响. 朱瑞俊,李小勤,谢骏,冷向军,田娟,史少奕. 2010

作者其他论文 更多>>

微信小程序