基于桑树转录组测序的SSR标记开发和引物筛选

文献类型： 中文期刊

第一作者： 姚刘慧

作者： 姚刘慧;唐翠明;戴凡炜;王振江;罗国庆

作者机构：

关键词： 桑树;转录组测序;分子标记;简单重复序列

期刊名称： 蚕业科学

ISSN： 0257-4799

年卷期： 2015 年 41 卷 01 期

页码： 18-27

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 以桑树品种抗青10号植株的幼叶和根部为材料进行高通量转录组测序,获得60 069条unigene序列,运用MISA软件从中搜索到10 268个SSR位点,并针对这些SSR位点建立了EST-SSR引物数据库。从EST-SSR引物数据库中随机挑选100对SSR引物对抗青10号植株叶片的基因组DNA进行PCR验证,有87对引物可以扩增出条带,其中58对引物扩增的片段大小与预期相同,26对引物扩增的片段大于预期片段,3对引物扩增的片段小于预期片段。100对引物涉及的SSR位点中,基序重复单元长度为3个核苷酸的占46%,为2个、4个、5个、6个核苷酸的分别占12%、10%、10%、22%。KEGG代谢通路分析100对引物所在unigene的功能主要涉及新陈代谢、甘油磷脂代谢、醚脂代谢等途径,扩增条带最多的引物SSR28所在的Unigene5642主要参与新陈代谢。实验结果证明了基于高通量桑树转录组测序数据开发SSR标记的可行性及高效性。

分类号： S888.2

  • 相关文献

[1]基于遗传多样性构建金针菇的核心种质群体及分子身份证. 高利慧,鲍大鹏,徐珍,李燕,陆欢,TAN Yee Shin,尚晓冬,陈洪雨,王瑞娟,吴莹莹. 2021

[2]花椰菜转录组SSR位点分析及其分子标记开发. 林珲,李永平,薛珠政,陈敏氡,朱海生,温庆放. 2019

[3]小麦抗源Sw92抗叶锈病基因遗传及其分子标记. 刘太国,张敏,陈万权. 2007

[4]基于RNA-Seq技术的茶树花转录组分析. 夏丽飞,朱兴正,梁名志,马伟,宋维希,田易萍,周萌,陈林波. 2016

[5]DNA分子标记技术在桑树上的研究进展及前景. 赵卫国,汪伟,潘一乐. 2006

[6]玉米O2和Wx基因内及O16基因连锁SSR位点的等位变异研究. 杨留启,杨文鹏,牛素贞,王明春. 2009

[7]12份糯玉米自交系的SSR标记多态性和分子分类研究. 杨留启,杨文鹏,王明春,任洪. 2009

[8]基于EST数据的柞蚕SSR标记开发. 郑茜茜,马红方,谌苗苗,钟亮,李群. 2016

[9]绒毛状烟草基因组中SSR位点的信息分析. 王卫锋,晁江涛,龚达平,王鲁,李凤霞,陈雅琼,孙玉合. 2011

[10]稻瘟病菌株CH63和TH16杂交组合的遗传图谱构建及无毒基因定位. 王艳丽,Claudia KAYE,Amandine BORDAT,Henri ADREIT,Jo■lle MILLAZZO,郑小波,沈瑛,Didier THARREAU. 2005

[11]黑木耳59个菌株的遗传多样性分析. 潘春磊,王延锋,盛春鸽,王金贺,张鹏,于海洋. 2022

[12]籼稻脂肪酶基因的遗传分析及定位. 龚继平,吴方喜,吴跃进,郑家团,黄庭旭,王乌齐,张建福,谢华安. 2008

[13]利用SSR分析普通野生稻自然居群交配系统. 刘勇,段永红,王淑红,詹庆才,孙桂华,高立志. 2010

[14]简单重复序列(AAG)_5在百萨偃麦草染色体上的分布. 温辉芹,裴自友,任永康. 2011

[15]湖北巴东县野生茶树种质资源遗传多样性及种群结构亲缘关系分析. 崔清梅,梁金波,马会杰,胡双玲,陈清华,吴立赟,何梦迪,王留彬,谭立才,张强,王丽鸳. 2024

[16]黄颡鱼遗传图谱构建及生长相关性状的QTL定位. 葛学亮,尹洪滨,毕冰,孙中武. 2010

[17]基于全基因组序列的香菇商业菌种SSR遗传多样性分析及多位点指纹图谱构建的研究. 张丹,宋春艳,章炉军,巫萍,鲍大鹏,尚晓冬,谭琦. 2014

[18]巴西橡胶树TCTP基因结构分析及分子标记开发. 邓治,覃碧,冯福应,李德军. 2012

[19]马铃薯基因组编码区域SSR位点的分布、特征和所编码蛋白功能分析. 孙亭亭,王大伟,陈乐,王卫峰,龚达平,陈雅琼,孙玉合. 2015

[20]大豆疫霉ISSR-PCR反应体系的建立. 李莹,文景芝,刘春来. 2005

作者其他论文 更多>>

微信小程序