牛场辣椒的全基因组SNP标记分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 黄冬福

作者： 黄冬福;何建文;江叶莎;付文婷;范高领;吴迪;詹永发;石燕金;王楠艺

作者机构：

关键词： 辣椒;重测序;SNP;分子标记数量;分布特征

期刊名称： 种子

ISSN： 1001-4705

年卷期： 2022 年 41 卷 004 期

页码： 100-105

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本试验以牛场辣椒为研究对象,利用Illumina HiSeq 2000平台进行全基因组重测序,通过生物信息学软件分析测序质量、SNP在染色体和基因组上的分布规律和特征.结果表明,本研究获得了783349390条clean reads,基因组覆盖率98.23%,测序深度36.35×;12条染色体上共获得9141358个SNP,10号染色体上的纯合SNP最多,9号染色体上的纯合SNP最少;不同染色体上SNP密度分布不同;SNP分布在基因组上5个位置且数量不同,基因间(94.68%)>基因内(3.64%)>基因上游(0.9%)>基因下游(0.74%)>基因上游/下游;基因内SNP数量依次为内含子(281002)>外显子(51242)>剪接位点(288);外显子上有4种类型的SNP变异且数量不同,非同义突变(31265)>同义突变(19079)>终止子获得(710)>终止子缺失(188);发生转换的SNP数量是颠换的1.99倍.牛场辣椒SNP的出现频率为1个/366 bp,其中外显子上的51242个SNP具有开发成功能标记的潜力,外显子上SNP产生的710处终止子获得对基因功能研究具有重要意义.

分类号： S641.3

  • 相关文献

[1]大豆百粒重相关基因的全基因组发掘分析. 宿洋,杨静,郭勇,杜维俊,邱丽娟. 2021

[2]基于重测序的烟草赤星病抗性关联SNP位点挖掘. 王文静,王凤龙,焦芳婵,孙光军,宋光龙,陈风雷,王卫民,吴晶晶,王晓强. 2023

[3]利用PCR产物混池重测序检测梨褐皮关联SLAF标签多态性. 蒋爽,王晓庆,施春晖,李水根,骆军. 2024

[4]基于辣椒基因组重测序的InDel标记开发及应用. 郭广君,孙茜,刘金兵,潘宝贵,刁卫平,戈伟,高长洲,王述彬. 2015

[5]辣椒果色全基因组关联分析. 张小微,陈小翠,陈仕泽,覃成,杨红,唐相群,邱化荣,罗希榕. 2023

[6]长江下游地区地方鸭种全基因组序列测定及遗传多样性分析. 章双杰,王靖,杨建生,李慧芳,宋卫涛,许金根,华国浩,叶彩芳,林雨鑫. 2016

[7]利用混池重测序鉴定萨福克绵羊超数排卵关键调控基因. 滑留帅,辛晓玲,王璟,罗生金,曾滔,巴提玛,施巧婷,徐照学,王二耀. 2019

[8]利用重测序染色体片段代换系群体定位水稻籽粒长宽比QTL. 卫纯洁,陶亚军,范方军,李文奇,王芳权,许扬,陈智慧,仲维功,杨杰,王军. 2020

[9]不同光周期条件下谷子株高的全基因组关联分析. 贾小平,张博,全建章,李剑峰,王永芳,袁玺垒. 2019

[10]基于重测序番茄InDel标记的开发. 张国儒,唐亚萍,杨涛,帕提古丽,王柏柯,李宁,王娟,李晓琴,余庆辉,杨生保. 2019

[11]基于高通量测序的棉花InDel标记开发及其应用. 陆海燕,陈璐,王显生,赵涵,沈奇. 2019

[12]基于高通量测序的棉花InDel标记开发及其应用. 陆海燕,陈璐,王显生,赵涵,沈奇. 2019

[13]利用重测序技术开发高粱多态性SSR分子标记. 王平,王春语,张丽霞,丛玲,朱振兴,陆晓春. 2019

[14]全基因组选择技术在反刍动物遗传育种中的研究进展及其应用. 张顺进,寇浩玮,丁晓婷,刘贤,蔡雯雯,张子敬,施巧婷,茹宝瑞,雷初朝,黄永震. 2021

[15]基于重测序的芥蓝(Brassica alboglabra)全基因组InDel标记开发. 洪晓如,吴智明,陈汉才,黎庭耀,沈卓,张艳. 2021

[16]基于高密度SNP遗传图谱的粳稻芽期耐低温QTL鉴定. 姜树坤,王立志,杨贤莉,李波,母伟杰,董世晨,车韦才,李忠杰,迟力勇,李明贤,张喜娟,姜辉,李锐,赵茜,李文华. 2020

[17]基于高通量测序的大麦InDel标记开发及应用. 徐婷婷,汪巧玲,邹淑琼,狄佳春,杨欣,朱银,赵涵,颜伟. 2020

[18]长三角地区兼用型鸭全基因组遗传多样性分析. 章双杰,王靖,杨建生,李慧芳,宋卫涛,许金根,华国浩,叶彩芳,林雨鑫,刘怡. 2017

[19]利用SLAF-seq结合BSA方法发掘大豆种皮色相关基因. 郁晓敏,金杭霞,杨清华,傅旭军,郭丹丹,吕晓男,袁凤杰. 2021

[20]耐盐转基因大豆事件AtARA6-A001外源插入片段侧翼序列及其应用. 孙星邈,侯云龙,王英哲,关诗宇,邱红梅,张玲. 2024

作者其他论文 更多>>

微信小程序