款冬转录组SSR标记开发及其多态性研究

文献类型： 中文期刊

第一作者： 贺润丽

作者： 贺润丽;韩毅丽;段静静;刘计权;王莉花

作者机构：

关键词： 款冬;转录组;简单重复序列标记;多态性;PCR

期刊名称： 中草药

ISSN： 0253-2670

年卷期： 2019 年 020 期

页码： 5026-5032

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 目的分析款冬转录组数据的简单重复序列标记(SSR)位点信息并设计特异引物,以期为款冬分子标记辅助育种提供有力工具.方法对款冬转录组测序数据库中长度1 kb以上的18 938条unigene,利用MISA软件搜索SSR位点信息,利用Primer3设计引物,并随机选择55对SSR引物分析18份不同来源款冬材料的多态性.结果共搜索到4688个SSR位点,分布于3844条unigene中,SSR出现频率为24.75%,平均7979bp含1个SSR位点.SSR位点中三核苷酸重复类型出现频率最高(37.12%),其次是单核苷酸重复(32.36%)和二核苷酸重复(28.20%).共有60种重复基元,其中A/T(31.42%)、AG/CT(12.80%)、ATC/ATG(9.62%)是优势重复基元.随机选择55对引物进行多态性验证分析,其中42对有扩增产物,14对具稳定可重复的多态性;利用UPGMA作图,将18份样品分为3类.结论款冬转录组中SSR位点出现频率高,类型丰富,多态性高,为其遗传多样性分析、遗传图谱构建和分子标记辅助育种等研究提供了候选分子标记.

分类号： S567.239

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