杏鲍菇转录组数据SSR位点的生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李强

作者： 陈诚;熊川;陈祖琴;金鑫;黄文丽

作者机构：

关键词： 杏鲍菇;转录组;SSR;分子标记;遗传多样性

期刊名称： 应用与环境生物学报

ISSN： 1006-687X

年卷期： 2017 年 03 期

页码： 454-458

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了开发杏鲍菇分子标记,利用前期高通量测序技术获得的杏鲍菇转录组数据,采用生物信息学软件Trinity拼接,然后通过MISA软件检索并分析杏鲍菇转录组简单重复序列(Simple sequence repeats,SSR)位点.共获得45 833条unigene,在其中的3 256条unigene中检测到3 811条符合软件参数的SSR序列,发生频率为8.31%.SSR位点平均长度为15 bp,平均分布频率是1/15.91 kb.在杏鲍菇转录组的SSRs中,单核苷酸与三核苷酸重复基元为主要重复类型,分别占总SSRs的45.24%和35.53%.SSR基元的重复次数为5-24次,其中5次或10次重复是发生频率最高的,SSR重复基元共有85个类型,其中A/T是最常见的重复基元,比例为38.97%,其次为AG/CT,比例为8.24%.对3 811个SSR位点设计出3 644对SSR引物,随机选择20对引物进行PCR扩增,其中9对在3个杏鲍菇品种中表现出多态性.本研究表明杏鲍菇转录组SSR位点多态性丰富,具有较高的应用潜力.

分类号： Q811.4`S646

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