独脚金转录组特征分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张龙

作者： 张龙;蔡时可;孙金锴;梅瑜;王继华

作者机构：

关键词： 独脚金;转录组;Unigenes;功能注释;简单重复序列(SSR)

期刊名称： 广州中医药大学学报

ISSN： 1007-3213

年卷期： 2023 年 08 期

页码： 2042-2048

摘要： 【目的】获取独脚金[Striga asiatica(L.)O. Kuntze.]的转录组信息特征。【方法】提取独脚金叶片和茎的总RNA、建库、测序、组装，以注释和比对等生物信息分析技术得到独脚金转录组的遗传信息。【结果】共获得38 096 466个高质量Reads，通过de novo组装获得41 918条Unigenes,N50长度为1 754 bp，平均长度1 029 bp。共有27 375条Unigenes（占65.31%）在CDD、PFAM、KEGG、KOG、GO、NR、NT等数据库中得到注释。其中NR数据库注释到27 187条Unigenes，在KEGG中注释到5 331条Unigenes，涉及284条代谢通路。在独脚金中共鉴定到30条Unigenes涉及黄酮类生物合成，同时还鉴定到778个转录因子（TFs）。采用微卫星识别软件（MISA）对组装的1 000 bp以上的Unigenes分析发现，13 107条Unigenes包含17 036个简单重复序列（SSR）位点。【结论】利用转录组数据分析为独脚金的重要功能基因鉴定和次生代谢通路的挖掘奠定了研究基础。

分类号： S567.219`R282.71

  • 相关文献

[1]溪黄草转录组测序及生物信息学分析. 王继华,蔡时可,梅瑜,李汉章,杨少海. 2020

[2]金毛狗转录组测序及生物信息学分析. 蔡时可,梅瑜,陈炜玲,史广生,李静宇,王继华. 2022

[3]基于高通量测序的杂交鳢转录组数据分析. 黄勇,龚望宝,陈海刚,孙西红. 2019

[4]基于RNA-Seq高通量测序技术的大口黑鲈转录组分析. 黄勇,龚望宝,陈海刚,熊建利,孙西红. 2019

[5]大青转录组测序及生物信息学分析. 刘敏,黄炜忠,何孟璐,梅瑜,王继华. 2022

[6]黑果枸杞转录组SSR信息分析及分子标记开发. 尹跃,安巍,赵建华,王亚军,樊云芳,曹有龙. 2019

[7]基于高通量测序的野生毛葡萄转录组SSR信息分析. 蒋胜理,曲俊杰,周思泓,潘凤英. 2017

[8]基于RNA-Seq的辣木叶转录组研究. 张雅玲,王小安,潘少霖,叶新福. 2017

[9]青梗花椰菜和白梗花椰菜转录组分析. 林珲,薛珠政,李永平,李大忠,刘建汀,朱海生,温庆放. 2018

[10]基于转录组测序的紫色秋葵花青素合成相关基因研究. 张少平,应璐,邱珊莲,张帅,洪建基,郑开斌,余文权. 2018

[11]8个番石榴品种的转录组测序. 张丽梅,陈钟佃,张朝坤,魏秀清,许家辉. 2021

[12]基于转录组测序的铁皮石斛黄酮代谢途径及相关基因解析. 林江波,王伟英,邹晖,戴艺民. 2019

[13]张溪香芋转录组测序及生物信息学分析. 王继华,罗群胜,梅瑜,杨少海. 2020

[14]芒果果实转录组数据组装及基因功能注释. 武红霞,许文天,罗纯,姚全胜,王松标,马小卫,詹儒林. 2016

[15]中泰南五味子转录组测序及生物信息学分析. 李静宇,徐友阳,蔡时可,王继华. 2022

[16]黄秋葵花和果荚转录组测序及类黄酮代谢差异表达分析. 姚运法,张少平,练冬梅,赖正锋,黄慧明,洪建基. 2018

[17]紫背天葵高通量转录组测序分析. 张少平,洪建基,邱珊莲,郑云云,张帅,吴松海,何炎森,郑开斌,郑加协. 2016

[18]鸟巢蕨转录组高通量测序及分析. 贾新平,孙晓波,邓衍明,梁丽建,叶晓青. 2014

[19]显齿蛇葡萄转录组测序、注释与分析. 徐友阳,王德勤,李静宇,梅瑜,王继华,蔡时可. 2022

[20]基于高通量测序的建兰转录组信息分析. 樊荣辉,林兵,吴建设,钟淮钦. 2023

作者其他论文 更多>>

微信小程序