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基于全基因重测序的芒果细菌性角斑病抗性相关SNP分析

文献类型： 中文期刊

作者： 徐志豪 1 ; 周思思 1 ; 詹儒林 1 ; 姚全胜 1 ; 柳凤 1 ;

作者机构： 1.海南大学园艺学院;中国热带农业科学院南亚热带作物研究所海南省热带园艺产品采后生理与保鲜重点实验室农业部热带果树生物学重点实验室

关键词： 全基因组重测序;芒果;细菌性角斑病;单核苷酸多态性

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2024 年 22 卷 009 期

页码： 2952-2958

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 芒果细菌性角斑病是芒果生产上的重要细菌病害之一,为揭示芒果品种对细菌性角斑病的抗性差异,本研究通过全基因组重测序技术对高抗细菌性角斑病品种'热农1号'和高感细菌性角斑病品种'凯特'进行测序,通过与参考基因组'红象牙'进行比对,进行数据统计与质量检测、序列比对及多态性SNP位点分析.结果表明,在测序深度10X下,'凯特'和'热农1号'分别获得5.93 Gb和4.55 Gb的数据量,过滤后的Q30达到92.4%和92.3%.将获得的原始数据与参考基因组对比,'凯特'和'热农1号'比对上的reads数目分别是31 108 817和30 217 182.'凯特'和'热农1号'分别检测到3 530 706和3 325 884个SNP位点,产生非同义突变的SNP位点数分别为133 283和127 148个,杂合度为0.43%和0.36%,转换和颠换的比值为2.24和2.25.基于抗病品种'热农1号'和感病品种'凯特'全基因组重测序数据比较的结果,获得到了 3 258 857个差异SNP位点和33 161条基因信息,其中有937个基因参与抗病蛋白的调控.本研究结果可以在一定程度上反映抗感细菌性角斑病的芒果品种在基因组水平抗性差异,可为下一步细菌性角斑病杂交群体材料的抗性评价和抗病特异性分子标记开发提供基础数据,同时为后期芒果抗病优质品种的创制和选育提供理论依据.

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