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微生物发酵床垫料微生物总DNA提取方法的研究

文献类型： 中文期刊

作者： 刘云浩 1 ; 蓝江林 2 ; 刘波 2 ; 朱昌雄 1 ; 郭萍 1 ; 陈燕萍 2 ;

作者机构： 1.中国农业科学院农业环境与可持续发展研究所

2.福建省农业科学院农业生物资源研究所

关键词： 垫料微生物;DNA提取;SDS-CTAB;16S rDNA

期刊名称： 福建农业学报

ISSN： 1008-0384

年卷期： 2011 年 26 卷 02 期

页码： 153-158

摘要： 传统的平板分离培养法,不能全面反映垫料微生物的基因信息,所以获得高质量的垫料微生物总DNA对于研究垫料微生物的群落结构就显得尤为重要。本实验设计对比了6种关于养猪发酵床垫料微生物总DNA的提取方法,对6种方法提取的DNA的浓度和纯度进行比较评价,结果表明,试剂盒法中因为没有专门针对本实验垫料的总DNA提取试剂盒,所采用的粪便,土壤以及淤泥总DNA提取试剂盒都没有达到很好的效果;而在化学法当中,单纯的SDS法和CTAB法都不能有效除去腐殖酸和杂蛋白的污染,通过核酸蛋白分析仪测定的A260/A280的比值基本都在1.5以下,说明纯度很低,用16S rDNA通用引物进行PCR扩增也没有得到目的条带。在SDS-CTAB结合法中利用10%的PEG-8000进行沉淀不进行回收纯化所提取的DNA具有完整性好,纯度高的优点,浓度达到200 ng.μL-1以上,通过核酸蛋白分析仪测定的A260/A280的比值达到1.8左右。用16S rDNA通用引物扩增得到比较亮的目的条带,因此SDS-CTAB结合法是一种高效、可靠的垫料微生物总DNA提取方法,有利于进行下游的分子生态学研究。

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[2]柑桔黄龙病亚洲种病原(Candidatus Liberobacter asiaticus)16S rDNA的PCR-SSCP分析. 姚锦爱,谢荔岩,郑璐平,胡奇勇. 2008

[3]5种海水养殖石首鱼类肠道菌群多样性的比较. 林能锋,龚晖,许斌福,潘滢,曾红. 2022

[4]瓜类作物枯萎病生防菌BS-2000和JK-2的分子鉴定. 郑雪芳,葛慈斌,林营志,刘建,刘波. 2006

[5]PCR-DGGE法研究福建省稻田土壤微生物地区多态性. 罗青,宋亚娜,郑伟文. 2008

[6]柑橘黄龙病菌亚洲种16S rDNA和16S-23S rDNA间隔区的PCR-RFLP及序列分析. 鹿连明,姚锦爱,张利平,胡秀荣,黄振东,陈国庆. 2010

[7]圆果黄麻成熟叶片总DNA提取及SRAP扩增体系的建立与优化. 陈燕萍,陈美霞,徐建堂,陈晖,陶爱芬,祁建民. 2011

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