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芒果果实转录组数据组装及基因功能注释

文献类型： 中文期刊

作者： 武红霞 1 ; 许文天 1 ; 罗纯 1 ; 姚全胜 1 ; 王松标 1 ; 马小卫 1 ; 詹儒林 1 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院南亚热带作物研究所农业部热带果树生物学重点实验室

关键词： 芒果;转录组;功能注释

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2016 年 37 卷 11 期

页码： 2191-2198

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 以红芒6号为试材,对生长发育各时期果皮与果肉样品提取RNA后等量混合进行转录组测序,共获得了68 419 722个reads,包含6 157 744 980个核苷酸序列信息,平均读长90 bp,序列信息全部登陆NCBI数据库(SRP035450)。对reads进行拼接,共获得124 002个Contig片段,进一步组装获得54 207个Unigene片段,平均长度为838 bp,阈值小于10-5的序列中共有42 515(78.43%)个unigenes被注释到公共蛋白数据库。其中,35 198个被注释到生物学过程、分子功能和细胞组分GO类别的44个功能组,14 619个Unigene匹配到25类COG功能组,23 741个Unigene被富集到128个KEGG代谢通路,包括代谢途径、次生代谢的生物合成、植物-病原物互作、植物激素信号转导、苯丙氨酸生物合成、淀粉和蔗糖代谢、类黄酮类化合物合成等。本研究将为进一步的芒果功能基因克隆、基因表达分析、分子标记开发等研究奠定基础。

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