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荔枝GRF基因家族的全基因组鉴定及表达分析

文献类型： 中文期刊

作者： 董晨 1 ; 郑雪文 1 ; 王弋 1 ; 全振炫 1 ; 李伟才 1 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院南亚热带作物研究所/农业农村部热带果树生物学重点实验室

关键词： 荔枝;生长调控因子;生物信息;表达模式

期刊名称： 热带生物学报

ISSN： 1674-7054

年卷期： 2024 年 002 期

页码： 190-197

摘要： 为揭示荔枝（Litchi chinensis）GFR基因的功能，对荔枝生长调控因子（LcGRF）基因家族进行了全基因组鉴定和分析，并研究其在荔枝中的表达模式。基于荔枝基因组数据库，使用生物信息学软件对LcGRFs家族成员进行全基因组鉴定，分析基本理化性质、染色体定位、基因结构、进化关系、蛋白保守基序、顺式作用元件和时空表达情况进行系统分析。共获得12个GRF基因，不均匀地分布在10条染色体上，内含子2～5个。蛋白保守基序分析发现，荔枝GRF蛋白均含有保守的motif1（WRC）和motif2（QLQ），进化分析LcGRF划分为5个亚家族，LcGRFs启动子上存在大量的光、植物激素、非生物胁迫响应以及生长发育相关的顺式作用元件。不同转录组表达模式结果显示，各个组织中呈现出多样化的表达特征，表明不同成员可能在荔枝不同生长发育过程中发挥调控作用，参与调节荔枝的生长发育。研究显示，荔枝GRF家族成员有12个，划分为5个亚家族。

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