文献类型: 中文期刊
作者: 钱义容 1 ; 王弋 1 ; 全振炫 1 ; 郑雪文 1 ; 李伟才 1 ; 董晨 1 ;
作者机构: 1.中国热带农业科学院南亚热带作物研究所/农业农村部热带果树生物学重点实验室
关键词: 荔枝;ALMT基因家族;系统进化;生物信息学;表达分析
期刊名称: 广东农业科学
ISSN:
年卷期: 2023 年 009 期
页码: 79-88
收录情况: 北大核心 ; CSCD
摘要: 【目的】挖掘参与荔枝生长发育的铝激活苹果酸转运蛋白(Al-activated malate transporter,ALMT)基因家族成员,探究其生物学功能。【方法】基于荔枝基因组数据库,借助META SEARCH工具和NCBI的CDD数据库鉴定荔枝ALMTs成员,利用生物信息学方法系统分析LcALMT基因家族成员的蛋白理化性质、亚细胞定位预测、系统发育、基因结构、保守基序、染色体定位、启动子顺式作用元件、蛋白结构和表达模式等,通过qPCR方法分析荔枝LcALMTs的表达情况。【结果】荔枝LcALMT基因家族有16个成员,CDS长度为118~803 bp,等电点在5.16~9.07之间。亚细胞定位预测显示,LcALMTs均定位于质膜上,根据系统进化树将该家族划分为5个亚族。荔枝LcALMTs外显子数目在3~10个,有4个LcALMTs基因均不含非编码区。染色体定位分析发现,LcALMTs只定位在荔枝15条染色体中的6条上,且主要定位在13号染色体上。保守基序分析发现,荔枝ALMT家族成员含有ALMT和ALMT superfamily两个结构域。顺式作用元件中,光响应元件占比最多,其次是激素响应元件。表达模式分析发现,荔枝LcALMTs在各个组织中的表达存在较大差异,其中LcALMT5和LcALMT15在各个组织中均有表达且表达量较高,qPCR结果表明LcALMT5的表达水平与转录组结果较为一致。【结论】16个荔枝ALMTs具有保守的基因结构和蛋白结构域,组织表达存在差异。
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