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基于线粒体基因组全序列的鲟形目鱼类(Pisces: Acipenseriformes)的分子系统发育重建

文献类型： 中文期刊

作者： 程佩琳 1 ; 俞丹 1 ; 刘焕章 1 ; 杜浩 1 ; 危起伟 1 ;

作者机构： 1.中国水产科学研究院长江水产研究所,农业农村部淡水生物多样性保护重点实验室,武汉430223;中国水产科学研究院长江水产研究所,农业农村部淡水生物多样性保护重点实验室,武汉430223;中国水产科学研究院长江水产研究所,农业农村部淡水生物多样性保护重点实验室,武汉430223;中国水产科学研究院长江水产研究所,农业农村部淡水生物多样性保护重点实验室,武汉430223;中国水产科学研究院长江水产研究所,农业农村部淡水生物多样性保护重点实验室,武汉430223

关键词： 线粒体基因组;鲟类;系统发育分析;最大似然法;贝叶斯推断;拓扑结构检验

期刊名称：

ISSN： 1000-3207

年卷期： 2021 年 45 卷 3 期

页码： 487-494

摘要： 为厘清鲟形目鱼类的系统发育, 研究新测定了中华鲟(Acipenser sinensis)、长江鲟(A. dabryanus)、短吻鲟(A. brevirostrum)、纳氏鲟(A. naccarii)、鳇(Huso dauricus)和匙吻鲟(Polyodon spathula)共6种鲟类的线粒体全基因组序列。联合已测的17种鲟类的线粒体基因组数据, 利用最大似然法和贝叶斯法重建了鲟形目鱼类的分子系统发育关系, 并采用似然值检验对不同的树拓扑结构进行了评价。结果表明, 6种新测鲟类的线粒体基因组大小为16521—16766 bp, 编码13个蛋白质编码基因、22个转运RNA基因和2个核糖体基因, 与大多数已测的鲟类的线粒体基因组结构高度相似。基于23种鲟形目鱼类线粒体基因组数据, 系统发育分析的结果表明: (1)鲟形目的两个科, 匙吻鲟科(Polyodontidae)和鲟科(Acipenseridae)均为单系; (2)鲟科的内部亲缘关系复杂, 鲟属和鳇属的物种均不构成单系群。鲟科鱼类按分子系统发育重建结果可以分为3个类群: 尖吻鲟类(A. sturio-A. oxyrinchusclade)、大西洋鲟类(Atlantic clade)和太平洋鲟类(Pacific clade)。树拓扑结构的检验结果表明, 鲟科的系统发育关系为(尖吻鲟类(太平洋鲟类, 大西洋鲟类))。铲鲟属(Scaphirhynchus)是大西洋鲟类的基部类群。研究也说明线粒体基因组数据在鲟形目鱼类系统与进化研究方面具有重要应用价值。

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