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基于测序技术的海南地方猪TLR4基因多态性分析

文献类型： 中文期刊

作者： 张艳 1 ; 刘海隆 1 ; 王文秀 2 ; 黄丽丽 1 ;

作者机构： 1.海南省农业科学院畜牧兽医研究所

2.山东省滨州畜牧兽医研究院

关键词： 海南地方猪;TLR4;基因多态性;基因测序;克隆;蛋白质结构

期刊名称： 黑龙江畜牧兽医(上半月)

ISSN： 1004-7034

年卷期： 2019 年 010 期

页码： 25-29

收录情况： 北大核心

摘要： 为了了解海南地方猪TLR4基因的多态性,试验采用PCR技术对五指山猪、临高猪和屯昌猪的TLR4基因组序列进行了克隆、测序,应用DNAStar和BioEdit软件分析其序列,SMART、SOPMA、SWISS-MODEL在线软件分析TLR4蛋白的结构,并预测二级结构和三级结构.结果 表明:获得的三个品种海南地方猪TLR4基因DNA序列全长均为10 435 bp,其中编码区长2 526 bp,编码841个氨基酸.三个品种猪TLR4基因序列种内比对时,五指山猪在种内有1个核苷酸位点存在多态性;屯昌猪在种内有6个核苷酸位点存在多态性,2处位于编码区;临高猪在种内有3个核苷酸位点存在多态性,1处位于编码区.三个品种猪TLR4基因序列种间比对时,有27个核苷酸位点存在多态性,其中2个为错义突变,导致氨基酸改变.三个品种猪的TLR4基因序列的同源性在99.8%~99.9%之间,高度保守.海南猪TLR4基因在7 209位点的G→T突变和7 781位点的G→A位点突变引起了TLR4蛋白二级结构和三级结构发生改变.说明海南地方猪TLR4基因存在多态性,并且其多态性引起的结构改变可能使TLR4基因功能发生变化.

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