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基于转录组测序数据的青稞WRKY基因家族的生物信息学分析

文献类型: 中文期刊

作者: 蒋礼玲 1 ; 陈丽华 1 ; 尼玛扎西 2 ; 马晓岗 1 ; 黄胜雄 3 ; 李高原 1 ;

作者机构: 1.青海大学农林科学院青海省农林科学院青海省青稞遗传育种重点实验室国家麦类改良中心青海青稞分中心农业农村部作物基因资源与种质创制青海科学观测实验站国家作物种质复份库

2.西藏自治区农牧科学院

3.合肥工业大学食品与生物工程学院

关键词: WRKY;青稞;转录组;系统进化;蛋白互作网络

期刊名称: 分子植物育种

ISSN:

年卷期: 2021 年 002 期

页码: 370-379

收录情况: 北大核心 ; CSCD

摘要: WRKY是植物中一类重要的转录因子,广泛调控了植物的生长发育和逆境胁迫应答。基于青稞白粉病侵染幼苗的转录组测序数据,本研究鉴定得到41个青稞WRKY转录因子,被划分为3个大组:Ⅰ组(6个)、Ⅱ组(21个)和Ⅲ组(12个)。另外,Hv WRKY40和Hv WRKY41没有分组。青稞WRKY基因进化分析的聚类结果和分组结果一致,进一步支持了我们分组的正确性。包括HvWRKY2、HvWRKY8、HvWRKY13、HvWRKY34和HvWRKY41,以及HvWRKY4、HvWRKY7、HvWRKY20、HvWRKY26和HvWRKY30在内的两组WRKY基因,表现出明显的先升高(36 h和72 h),后降低(168 h)的基因表达趋势。这些WRKY基因很可能参与了调控青稞抗白粉病的分子应答机制。青稞WRKY家族的蛋白相互作用网络中,Hv WRKY3、Hv WRKY8、Hv WRKY9属于网络中的主要中心节点。此外,Hv WRKY3、Hv WRKY8、Hv WRKY9、Hv WRKY30、HvWRKY34、Hv WRKY38、Hv WRKY39彼此之间相互作用,是蛋白互作网络的核心网络。本研究挖掘了青稞的WRKY家族成员,系统分析了家族成员的分组、家族成员的WRKY保守域特点、家族成员之间的进化关系、白粉菌侵染下的基因表达水平和家族成员的蛋白互作网络。本研究可为今后青稞的抗逆研究提供优良的候选WRKY基因。

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