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荔枝DA1同源基因的克隆及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 王弋 1 ; 董晨 1 ; 魏永赞 1 ; 郑雪文 1 ; 李伟才 1 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院南亚热带作物研究所农业部热带果树生物学重点实验室

关键词： 荔枝;DA1基因;结构域;开放阅读框

期刊名称： 西南农业学报

ISSN： 1001-4829

年卷期： 2019 年 11 期

页码： 2509-2513

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】克隆荔枝种子大小调控基因DA1,对其进行生物信息学分析。为深入研究荔枝LcDA1基因的功能提供理论参考。【方法】利用生物信息学软件对荔枝DA1同源基因及其编码蛋白进行预测和分析。以荔枝种子cDNA为材料,采用RT-PCR扩增3个LcDA1基因全长。【结果】根据转录组数据获得3个DA1同源基因,分别命名为LcDA1-1、LcDA1-2和LcDA1-3。开放阅读框(ORF)分别为1479,1419和1104 bp,分别编码492,472和367个氨基酸。氨基酸序列分析结果显示3个蛋白均含有典型的UIM和LIM结构域。【结论】荔枝LcDA1蛋白具有典型的DA1保守结构域,可能在荔枝种子发育中具有重要作用。

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