文献类型： 中文期刊
作者： 黄勇 1 ; 龚望宝 2 ; 陈海刚 3 ; 孙西红 1 ;
作者机构： 1.河南科技大学动物科技学院
2.中国水产科学研究院珠江水产研究所
3.中国水产科学研究院南海水产研究所
关键词： 杂交鳢;转录组;unigenes;基因注释
期刊名称： 湖南农业大学学报(自然科学版)
ISSN： 1007-1032
年卷期： 2019 年 45 卷 005 期
页码： 529-535
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 运用高通量技术对杂交鳢进行转录本测序和数据分析,经拼接与组装,最终获得52065条unigenes,长度范围201~12407 bp,序列平均长度为710 bp.从长度分布、GC含量和基因表达量等方面对unigenes进行评估,数据显示测序质量较好.进一步的数据分析,共鉴定出20535个CDS,37324个SNP位点和7830个微卫星.用6大数据库Swiss-Prot、Nr、Pfam、KEGG、KOG和GO注释杂交鳢转录组unigenes,分别对应有20955、28938、19339、14052、19358和18635条unigenes获得注释.根据GO数据库的注释,可将这些unigenes分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类共50亚类.KEGG代谢通路分析表明,这些unigenes参与了5大类30亚类共268个代谢通路,其中,参与信号转导通路的unigenes数量最多,有1716条.
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