文献类型： 中文期刊
作者： 赵敬丽 1 ; 李淑玲 1 ; 高进 1 ; 杨润清 1 ;
作者机构： 1.南京农业大学无锡渔业学院;东北农业大学生命科学学院;中国水产科学研究院生物技术研究中心
关键词： 全基因组混合模型关联分析;极速线性模型拟合函数;微效多基因遗传力;最大似然估计;基因组回归扫描
期刊名称： 东北农业大学学报
ISSN： 1005-9369
年卷期： 2018 年 07 期
页码： 58-66
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 在全基因组混合模型关联分析(GWMMAS)中,利用剩余多基因遗传力代替方差比值(剩余多基因方差/误差方差),将多基因遗传力求解限制在(0,1)区间内。引入R语言Rcpp Armadillo程序包中的极速线性模型拟合函数(fast Lm Pure函数)快速估计单核苷酸多态性(SNP)效应和完整LMM最大似然值。从由GBLUP估计的性状基因组遗传力出发,逐个高通量SNP的GWMMAS约需4次全基因组回归扫描。当仅关注EMMAX法估计的大效应或高显著水准标记时,GWMMAS运行时间缩短在两次扫描之内。与采用lm函数优化剩余多基因方差比的Fa ST-LMM法相比,极速回归扫描法可成倍提高GWMMAS计算效率。计算机模拟试验证实新方法统计和计算效率,运用极速回归扫描法可高效定位与牙鲆生长性状相关基因位点。
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