文献类型： 中文期刊
作者： 蒋仪 1 ; 宋禹昕 2 ; 高进 3 ; 陈鹤丽 3 ; 杨润清 3 ;
作者机构： 1.上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心
2.南京农业大学无锡渔业学院
3.中国水产科学研究院生物技术研究中心
关键词： 大菱鲆;多变量线性混合模型;谱分解;生长性状;表型正交化
期刊名称： 中国水产科学
ISSN： 1005-8737
年卷期： 2021 年 007 期
页码： 845-851
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 多变量线性混合模型是检验单个核苷酸多态性位点与多个相关表型之间是否存在关联的强有力工具。为提高该复杂关联分析的计算效率,本研究对多个性状的表型协方差矩阵进行谱分解,将这些相关的性状转换为相互独立的"超性状",利用单性状的混合模型关联分析方法计算每个超性状的检验统计量,通过这些统计量之和推断控制多个相关表型的一因多效核苷酸遗传位点。运用这种表型正交化的多性状混合模型关联分析方法,检测大菱鲆（Scophthalmus maximus）的体重-体长-尾柄宽3个性状一因多效核苷酸遗传位点,结果表明,GEMMA方法在1、5、6、8、12、16、20、2、22号染色体上共检测到11个QTNs,而表型正交化方法则在1、3、5、6、8、12、16、20、21、22号染色体上共检测到14个QTNs,其中2种方法共同检测到的QTNs有9个。与GEMMA相比,表型正交化方法具有更高的多性状检测效率,且运算时间也远低于GEMMA,可高效定位大菱鲆生长性状相关QTNs,这为其他水产动物的多性状GWAS研究以及遗传育种提供了一个便捷高效的方法。
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