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应用RNA-seq数据开展鸭基因组可变剪接的鉴定与分析

文献类型： 中文期刊

作者： 徐铁山 1 ; 顾丽红 2 ; 侯水生 3 ; 叶保国 2 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所

2.海南省农业科学院畜牧兽医研究所

3.中国农业科学院北京畜牧兽医研究所

关键词： RNA-seq;北京鸭;基因组;可变剪接;GO功能注释

期刊名称： 中国家禽

ISSN： 1004-6364

年卷期： 2016 年 38 卷 17 期

页码： 10-16

收录情况： 北大核心

摘要： 可变剪接是畜禽增加转录组和蛋白质结构与功能多样性的一种重要机制。研究应用前期测定的不同发育时期(2、4、6周龄)北京鸭胸肌和皮脂RNA-seq数据,挖掘北京鸭胸肌和皮脂内可变剪接及其功能注释。结果显示:1 6个样品中共鉴定出30 465个可变剪接,这些事件发生在7 587个基因上,可变剪切类型以外显子跳跃、内含子滞留、可变的5′剪接位点和可变的3′剪接位点等为主;2可变剪接的发生具有组织和发育阶段特异性;3共有可变剪接的基因主要富集于物质合成、物质结合及酶活性相关的GO条目中,胸肌特有可变剪接基因显著富集到骨骼肌发育相关的GO条目中,而皮脂特有的可变剪接基因富集到油脂合成的GO条目中。研究系统鉴定了北京鸭胸肌和皮脂内的可变剪接和基因,为北京鸭分子育种提供理论基础。

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