文献类型： 中文期刊

作者： 林婧楠 ¹ ; 徐黎明 ¹ ; 赵景壮 ¹ ; 任广明 ¹ ; 卢彤岩 ¹ ;

作者机构： 1.中国水产科学研究院黑龙江水产研究所

关键词： 弹状病毒;鲤春病毒血症病毒;基因组;基因型

期刊名称： 大连海洋大学学报

ISSN： 2095-1388

年卷期： 2020 年 005 期

页码： 707-713

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了分析中国北方地区现行的一株鲤春病毒血症病毒(Spring Virernia of Carp Virus,SVCV)SVCV-shlj4全基因组序列,根据GenBank收录的SVCV参考毒株(SVCV-A2,DQ491000.1)基因序列设计了3对重叠引物,对SVCV-shlj4毒株基因组编码区进行扩增,利用RACE试剂盒对该基因组5′和3′非编码区(Untranslated region, UTR)进行扩增,并利用DNAstar软件对测得的序列进行拼接,获得完整的SVCV-shlj4全基因组,结合Lasergene及MEGA 5.1生物信息学软件对该病毒基因组及其编码的核蛋白、糖蛋白和磷蛋白基因序列进行系统进化分析.结果表明:SVCV-shlj4毒株基因组全长为11 029 bp,共编码5种结构蛋白(3′端-5′端),分别为核蛋白(Nuclear protein,N)、磷蛋白(Phosphoprotein,P)、基质蛋白(Matrix protein,M)、糖蛋白(Glycoprotein,G)和RNA聚合酶(RNA polymerase,L);基因组序列系统进化分析显示,SVCV-shlj4毒株与中国株SVCV-A2的核苷酸序列一致性最高(99.0%),与欧洲株VR-1390核苷酸序列一致性最低(93.0%);编码M蛋白、G蛋白和P蛋白的基因序列进化分析结果显示,SVCV-shlj4毒株在进化上处于亚洲分支,属于Ⅰa基因型,Ⅰaii基因亚型;SVCV-shlj4毒株各基因变异位点分析显示,与中国株SVCV-A1相比,SVCV-shlj4毒株在N基因编码区第1357、1364和1376 nt位点分别缺失1个碱基,在G基因3′端非编码区4630 nt位点和4639 nt位点分别缺失两段基因序列(44 bp和31 bp),与欧洲株VR-1390相比,SVCV-shlj4毒株在G基因3′端非编码区(4637 nt位点)插入10 bp的基因片段,与中国株BJ0505-2相比,SVCV-shlj4毒株在L基因编码区(5822 nt位点)缺失18 bp碱基.本研究系统地分析了中国北方地区现行SVCV分离株的分子特征,为SVCV分子进化研究提供了数据支撑.