文献类型： 中文期刊

作者： 陈晓 ¹ ; 孙成飞 ¹ ; 董浚键 ¹ ; 张赫桐 ¹ ; 田园园 ¹ ; 高风英 ¹ ; 叶星 ¹ ;

作者机构： 1.上海海洋大学水产与生命学院;中国水产科学研究院珠江水产研究所,农业农村部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室

关键词： 翘嘴鳜;配合饲料;个体生长差异;转录组;差异表达基因(DEGs)

期刊名称： 基因组学与应用生物学

ISSN： 1674-568X

年卷期： 2023 年 42 卷 005 期

页码： 501-517

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)是我国淡水名贵鱼类,长期以来翘嘴鳜养殖自开口到养成均是投喂活饵,开发配合饲料代替活饵对翘嘴鳜养殖业绿色健康发展意义重大.近年已在翘嘴鳜配合饲料养殖试验中发现个体间生长速度存在很大差异.为探究其生长差异与基因表达和调控的关系,本研究采用RNA-Seq技术对经过一个完整养殖周期、投喂配合饲料翘嘴鳜的快长组和慢长组的4种组织(肝脏、肌肉、脑和胃)进行转录组测序与差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)分析.与慢长组相比,快长组的肌肉和脑中分别筛选出920个和696个上调基因(68.81%和74.68%),417个和236个下调基因(31.19%和25.32%);肝脏和胃中分别有347个和191个上调基因(47.28%和46.25%),387个和222个下调基因(52.72%和53.75%).鉴定出与生长和代谢相关的DEGs包括谷氨酸脱羧酶(glutamate decarboxylase,gadl)、生长/分化因子(growth differentiation factor,gdf)、脂蛋白脂肪酶(lipoprotein lipase,lpl)、脂肪酸结合蛋白(fatty acid-binding protein,fabp)等基因.GO功能注释显示,DEGs主要被注释在免疫、代谢、信号转导、酶活性等生物过程,以及信号受体结合、酶活性等分子功能上.KEGG功能注释显示,肝脏、肌肉、脑、胃中的DEGs分别被富集到17、15、12、7条通路,包括与能量代谢、脂质代谢、细胞生长与分化、神经配体-受体互作、激素合成、信号转导等相关的信号通路中,如牛磺酸和亚牛磺酸代谢、氨基酸合成、PPAR信号通路等.研究结果提示翘嘴鳜的生长分化由多个基因参与,并由多个基因构成多个潜在的调控网络共同调控.本研究结果有助于深入了解影响翘嘴鳜配合饲料利用和生长发育的分子机制.