文献类型： 中文期刊

作者： 蔡斌 ¹ ; 李成慧 ² ; 彭日荷 ³ ; 熊爱生 ³ ; 高峰 ³ ; 姚泉洪 ³ ; 章镇 ¹ ;

作者机构： 1.南京农业大学

2.苏州农业职业技术学院

3.上海市农业科学院生物技术研究所

关键词： 葡萄基因组;microRNA;生物信息学

期刊名称： 华北农学报

ISSN： 1000-7091

年卷期： 2008 年 23 卷 S2 期

页码： 213-216

收录情况： CSCD

摘要： 利用生物信息学方法,根据已知植物miRNA(microRNA)的各种特征,设计miRNA预测程序-MirFinder,从葡萄全基因组范围中预测出146条miRNA,然后利用葡萄中已知的miRNA对这146条miRNA进行同源检索,发现其中98条与已知的miRNA完全相同,另外48个为新发现的miRNA。这些新发现的miRNA基因属于21家族,其中8个家族之前未在葡萄中报道过,为葡萄中新发现的miRNA家族,共有20个miRNA。根据植物miRNA和其靶基因间存在较高的序列互补性,预测新miRNA家族的靶基因,结果表明其中6个miRNA家族存在靶基因。