文献类型： 中文期刊

作者： 孙雪 ¹ ; 李胜杰 ¹ ; 姜鹏 ¹ ; 杜金星 ¹ ; 周家辉 ¹ ; 白俊杰 ¹ ;

作者机构： 1.中国水产科学研究院珠江水产研究所农业农村部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室

关键词： 草鱼;转录组测序;差异表达基因;单核苷酸多态性;生长性状

期刊名称： 水产学报

ISSN：

年卷期： 2021 年 003 期

页码： 333-344

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为开发与草鱼生长性状相关基因及单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）标记,实验采用转录组测序技术（RNA sequencing,RNA-Seq）对草鱼快长组和慢长组的肝脏、肌肉和脑组织分别进行分析,共获得31 465万条高质量短读序（clean reads）,经组装得到34 147条拼接基因（unigene）,平均长度为1 060 bp,其中有30 751条unigene获得注释。在肝脏、肌肉和脑组织中分别筛选到1 013、552和372个差异表达基因,并从中检测到4 580个SNP标记。采用SNaPshot技术对其中34个SNP标记在300尾草鱼生长性状极端群体中进行多态性检测和验证,30个SNP标记分型成功,准确率为88.24%。进一步采用一般线性模型分析30个SNP标记与生长性状的相关性,结果显示,unigene00810126-8014标记CC基因型的体质量、体长、体高、头长和尾柄长性状均值显著高于TT基因型。unigene00810126-2903标记AA基因型的体质量显著高于GG基因型。unigene00870394-525标记AA基因型的体质量和体长性状均值显著高于GG基因型。unigene02938762-011628标记的TT基因型与CC基因型在体质量、体长和头长性状上的差异均达到显著水平。这4个标记位于生长催乳素α基因（slα）、早期生长反应蛋白-1基因（egr-1）和肌球蛋白重链基因（myh）上。其他标记不同基因型个体间的生长性状均不存在显著差异。其中8个SNP标记在草鱼群体中的平均多态信息含量（PIC）、平均期望杂合度（H_e）和平均观测杂合度（H_o）分别为0.300、0.377和0.363,表明草鱼选育群体遗传多样性较高。本研究获得与生长性状相关的1 937个差异表达基因和4个SNP标记,为草鱼分子辅助育种研究提供基础资料。