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紫苏EST-SSR分布特征及标记开发

文献类型： 中文期刊

作者： 张天缘 1 ; 宋莉 1 ; 沈奇 1 ;

作者机构： 1.贵州大学生命科学学院/农业生物工程研究院;贵州省农业科学院油菜研究所

关键词： 紫苏;EST-SSR;分子特征;标记开发

期刊名称： 贵州农业科学

ISSN： 1001-3601

年卷期： 2017 年 45 卷 09 期

页码： 114-118

摘要： 为了解紫苏属植物的遗传多样性,为种质资源的开发利用提供依据,利用软件MISA对从NCBI上获取的5 435条EST序列进行紫苏SSR分析。结果表明:在1 206条EST序列中得到符合条件的SSR为22.19%;共检出1 526个SSR位点,平均覆盖深度为28.87%;EST-SSR有32种重复基元,以二核苷酸重复基元AG/CT最多,占检出总SSR的34.73%;包含低级基元单核苷酸重复、二核苷酸重复和三核苷酸重复,其长度在20bp以上的EST-SSR有386条。最终设计获得包含单核苷酸重复、二核苷酸重复和三核苷酸重复低级基元的SSR引物723条。

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