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基于转录组的荔枝ARF基因家族的鉴定及表达分析

文献类型： 中文期刊

作者： 董晨 1 ; 魏永赞 2 ; 王弋 2 ; 郑雪文 2 ; 李伟才 3 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院南亚热带作物研究所农业部热带果树生物学重点实验室

2.;中国热带农业科学院南亚热带作物研究所农业部热带果树生物学重点实验室

3.;中国热带农业科学院南亚热带作物研究所农业部热带果树生物学重点实验室;

关键词： 荔枝;生长素反应因子;基因家族;生物信息分析;表达分析

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2017 年 08 期

页码： 1485-1491

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 生长素反应因子(Auxin Response Factors,ARFs)是调节生长素表达的转录因子响应基因,ARF基因在植物中大多由多基因家族组成。基于转录组数据,通过生物信息学方法对荔枝ARF基因进行鉴定,并分析其理化性质、亚细胞定位、保守基序、系统进化以及基因的表达模式。在荔枝中鉴定出21个ARF基因,其编码的蛋白质含有53~1 117个氨基酸,分子量约为6.112~123.872 ku,等电点为4.21~9.45。亚细胞定位预测结果显示21个ARF均定位于细胞核。Lc ARFs基因家族具有相对保守的结构,即包含1个保守的B3 DNA结构域、ARF结构域和Aux/IAA结构域。进化树分析表明荔枝ARF蛋白分为5个亚家族。21个荔枝ARF基因在花穗发育过程中有明显不同的表达规律。该结果为进一步深入研究荔枝ARF基因家族的功能奠定了基础。

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