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基于马铃薯腐烂茎线虫基因组的SSR信息分析

文献类型： 中文期刊

作者： 马居奎 1 ; 孙厚俊 1 ; 张成玲 1 ; 杨冬静 1 ; 谢逸萍 1 ;

作者机构： 1.江苏徐淮地区徐州农业科学研究所农业部甘薯生物学与遗传育种重点实验室

关键词： 马铃薯腐烂茎线虫;全基因组序列;SSR标记

期刊名称： 金陵科技学院学报

ISSN： 1672-755X

年卷期： 2019 年 02 期

页码： 70-74

摘要： 为了研究马铃薯腐烂茎线虫在我国的遗传关系,获得稳定的马铃薯腐烂茎线虫分子标记,使用MISA软件对马铃薯腐烂茎线虫全基因组1 761个scaffolds进行搜索,共获得9 745个SSR位点,平均11.40 kb出现一个SSR。在重复基元中,单核苷酸基元出现频率最高(83.06%),其次为二核苷酸重复基元(10.62%);除单核苷酸重复基元外出现次数最多的重复基元是AT/AT(5.36%)。马铃薯腐烂茎线虫基因组SSR位点长度小于12 bp分布最为广泛,占总SSR的59.67%,长度大于30 bp的最少,共有114个,仅占1.17%。研究表明,利用马铃薯腐烂茎线虫基因组数据可作为开发SSR标记的有效来源,为进一步开发马铃薯腐烂茎线虫SSR标记奠定了基础。

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