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甘薯等10种作物基因的生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 杨冬静 1 ; 徐振 1 ; 张成玲 1 ; 孙厚俊 1 ; 赵永强 1 ; 谢逸萍 1 ;

作者机构： 1.江苏徐淮地区徐州农业科学研究所/中国农业科学院农业部甘薯生物学与遗传育种重点实验室

关键词： 甘薯;NAC1;生物信息学;功能结构域;亚细胞定位;基因

期刊名称： 江西农业学报

ISSN： 1001-8581

年卷期： 2017 年 29 卷 11 期

页码： 7-12+20

摘要： 采用生物信息学相关软件对甘薯等10种NAC1蛋白的氨基酸序列及其理化性质、磷酸化位点、疏水性或亲水性、二级结构和三级结构、跨膜结构域、信号肽、亚细胞定位以及保守结构域等进行了预测和分析。结果表明:供试10种NAC1蛋白的磷酸化位点主要为丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸;这些NAC1蛋白均为亲水性蛋白,属于非分泌蛋白,不具有信号肽,没有明显的跨膜结构域;在它们的二级结构中,无规则卷曲所占比例最高;MtNAC1和CaNAC1可能定位于叶绿体,NtNAC1和GmNAC1可能定位于线粒体,甘薯及其他6种作物的NAC1蛋白可能定位于细胞核;甘薯等NAC1蛋白的三级结构与水稻NAC1蛋白具有一定的相似性;10种NAC1蛋白均含有1个NAM(No apical meristem)功能结构域。氨基酸序列比对和进化树分析显示IbNAC1与CaNAC1的亲缘关系最近。

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