文献类型： 中文期刊
作者： 黄启星 1 ; 张雨良 1 ; 王俊刚 1 ; 伍苏然 1 ; 张树珍 1 ; 郭安平 1 ;
作者机构： 1.中国热带农业科学院热带生物技术研究所/农业部热带作物生物学与遗传资源利用重点实验室
关键词： 甘蔗;EST;SSR;微卫星
期刊名称： 热带农业科学
ISSN： 1009-2196
年卷期： 2012 年 32 卷 12 期
页码： 33-42+49
摘要： 运用生物信息学分析方法对甘蔗(Saccharum spp.)的282 809条表达序列标签(ESTs)进行分析,共获得Unigene 138 590条,发掘出分布于10 086条Unigene的10 505个微卫星(EST-SSR)位点,SSR发生频率为7.26%,平均9.22 kb出现1个SSR。在7个杂交甘蔗品种中,三核苷酸基元的SSR数量最多(74.95个/Mb),其次为二核苷酸基元的SSR(22.95个/Mb),二者占总数的90.27%。以CCG/CGG、AG/CT为重复基元的SSR是最常见的EST-SSR类型,富含G/C的EST-SSR占据极明显的优势。与拟南芥和水稻cDNA序列内SSR的比较表明,富含G/C的SSR可能是禾本科植物SSR的一个共同特点。研究发现,SSR在EST与基因组序列之间以及在不同甘蔗品种之间的分布存在差别,具有丰富的多样性。此外,从EST数据分析获得杂交甘蔗品种的16个保守基因,从中发掘了9个SSR位点。最后,利用Primer3和e-PCR软件设计了一批具有物种特异性和通用性的EST-SSR PCR引物,相关数据可以通过http://59.50.66.49/SSR/sugarcane/sugarcane.EST-SSR.tgz链接从因特网下载。该研究结果可为开展甘蔗遗传多样性分析、种质资源鉴定和分子辅助育种提供参考。
- 相关文献
[1]11种热带植物EST-SSR标记的开发和多样性分析. 黄启星,左娇,孔华,郭运玲,周霞,郭安平. 2012
[2]IDENTIFICATION OF EXPRESSED RESISTANCE GENE ANALOGS (RGA) AND DEVELOPMENT OF RGA-SSR MARKERS IN TOBACCO. Yuan, Qinghua,Xie, Ruihong,Zhang, Zhenchen,Ma, Zhuwen,Li, Jiqin,Li, Shuling,Chen, Junbiao,Lu, Yonghua. 2015
[3]Construction of cDNA Library and Analysis of SSRs in ESTs of Litchi (Litchi chinensis Sonn.). Xiang, X.,Sun, Q. M.,Ou, L. X.,Zhao, J. S.,Chen, J. Z.,Cai, C. H.. 2012
[4]花生栽培种EST-SSRs分布特征及应用研究. 梁炫强,洪彦彬,陈小平,刘海燕,周桂元,李少雄,温世杰. 2009
[5]荔枝EST资源的SSR信息分析及EST-SSR标记开发. 孙清明,马文朝,马帅鹏,赵俊生,白丽军,陈洁珍,蔡长河,向旭,欧良喜. 2011
[6]源于大豆EST的花生属(Arachis)同源SSR标记的开发及利用. 洪彦彬,陈小平,刘海燕,周桂元,李少雄,温世杰,梁炫强. 2010
[7]Gene Expression Profiling and Identification of Resistance Genes to Aspergillus flavus Infection in Peanut through EST and Microarray Strategies. Bhatnagar, Deepak,Yu, Jiujiang,Guo, Baozhu,Fedorova, Natalie D.,Wan, Chun-Hua,Wang, Wei,Nierman, William C.,Chen, Xiaoping,Chen, Xiaoping,Nierman, William C.. 2011
[8]蝴蝶兰EST资源的SSR信息分析. 李冬梅,吕复兵,朱根发,洪彦彬,陈小平,梁炫强,操君喜,孙映波. 2011
[9]EST-SSR标记在蔬菜作物中的开发和应用进展. 吴海滨,罗少波,罗剑宁,龚浩,何晓莉. 2012
[10]De novo assembly, gene annotation, and marker development of mulberry (Morus atropurpurea) transcriptome. Dai, Fanwei,Tang, Cuiming,Wang, Zhenjiang,Luo, Guoqing,He, Li,Yao, Liuhui. 2015
[11]Genome composition and genetic diversity of Musa germplasm from China revealed by PCR-RFLP and SSR markers. Ning, Shu-Ping,Xu, Lin-Bing,Lu, Yan,Huang, Bing-Zhi,Ge, Xue-Jun. 2007
[12]Rapid Identification of Peanut Hybrids with SSR-PCR. Hong Yanbin,Li Xingyu,Huang Shangzhi,Hong Yanbin,Chen Xiaoping,Liang Xuanqiang,Liu Hong. 2015
[13]运用微卫星和RAPD标记分析家鸡群体的杂合度. 杨勇,朱庆,胡刚安. 2003
[14]利用微卫星标记分析家鸡的群体遗传变异. 杨勇,朱庆,胡刚安. 2000
[15]龙眼顶芽转录组简单重复序列(SSR)标记信息分析及分子标记开发. 郭栋梁,王静,韩冬梅,潘学文,李建光. 2018
[16]化州柚种质资源的SSR分析及其果实不同发育期柚皮苷含量变化. 田静,庞一波,陈嘉景,袁子彧,曾继吾,徐娟. 2019
[17]广东省大豆种质资源遗传多样性分析及DNA分子身份证构建. 李清,罗永坚,吴柔贤,贾俊婷,张文虎,宋松泉,刘军. 2020
[18]烟草品种大叶密合抗青枯病相关QTL的检测. 袁清华,马柱文,张振臣,李集勤,李淑玲,郭培国,邱妙文,李荣华,赵伟才,陈俊标. 2018
[19]薏苡苗期叶片全长转录组测序、注释及SSR预测. 李文燕,崔百元,刘勤坚. 2020
[20]基于形态学性状和SSR标记的花生品种遗传多样性分析和特异性鉴定. 刘洪,徐振江,饶得花,鲁清,李少雄,刘海燕,陈小平,梁炫强,洪彦彬. 2019
作者其他论文 更多>>
-
甘蔗叶片中蔗糖代谢酶活性及糖含量动态变化特征分析
作者：赵婷婷;杨本鹏;王俊刚;甘仪梅;张树珍
关键词：甘蔗;蔗糖代谢;蔗糖代谢酶;糖含量
-
自由取食式转基因甘蔗抗虫性测试方法的建立
作者：王文治;冯小艳;王俊刚;赵婷婷;沈林波;冯翠莲;熊国如;许莉萍;张树珍
关键词：甘蔗(Saccharum officinarum);转基因;甘蔗螟虫;抗虫实验;Cry1Ab基因
-
强宿根性甘蔗新品种中糖1号的选育
作者：甘仪梅;杨本鹏;武媛丽;曾军;曹峥英;彭李顺;蔡文伟;张树珍
关键词：甘蔗;新品种;宿根性;丰产
-
超低温技术的研究进展及其在甘蔗脱毒中的应用前景
作者：武媛丽;张树珍;谭贤教;杨本鹏
关键词：超低温处理;脱毒;甘蔗
-
我国蔗区甘蔗宿根矮化病发生情况的分子检测
作者：沈林波;吴楠楠;冯小艳;王文治;熊国如;赵婷婷;张树珍
关键词：甘蔗;宿根矮化病;分子检测;检出率
-
转基因甘蔗红糖DNA的提取及分子鉴定
作者：王文治;杨本鹏;冯小艳;王俊刚;冯翠莲;熊国如;赵婷婷;沈林波;张树珍;许莉萍
关键词：甘蔗红糖;转基因生物;外源基因;分子鉴定;荧光定量PCR
-
CRISPR/Cas9系统在植物育种中的应用
作者：张余;张雨良
关键词：CRISPR/Cas9原理;基因编辑;编辑效率;作物改良
