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芒果转录组中SSR位点信息分析与引物筛选

文献类型： 中文期刊

作者： 罗纯 1 ; 武红霞 1 ; 姚全胜 1 ; 王松标 1 ; 许文天 1 ; 马小卫 1 ;

作者机构： 1.农业部热带果树生物学重点实验室中国热带农业科学院南亚热带作物研究所

关键词： 芒果;转录组;SSR信息;多态性

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2015 年 36 卷 07 期

页码： 1261-1266

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用Micro SAtellite软件分析筛选芒果转录组中的SSR位点。结果表明,在54 207条Unigene中共搜索得到4 103个SSR位点,出现频率为7.57%。其中,三核苷酸重复为主导重复类型,占SSR总数的38.19%,其次是单核苷酸重复(26.91%)。AG/CT和AAG/CTT分别是二核苷酸和三核苷酸重复的优势基元。根据SSR侧翼序列共设计6 915对SSR引物,随机挑选了230对进行PCR检测,获得93对多态性引物。由此可见,芒果转录组数据可以作为大量开发SSR标记的资源,这些SSR标记也将有助于芒果遗传多样性和种质资源鉴定的研究。

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