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转录组荔枝Dof基因家族的鉴定及其表达

文献类型： 中文期刊

作者： 董晨 1 ; 魏永赞 1 ; 王弋 1 ; 郑雪文 1 ; 李伟才 1 ;

作者机构： 1.中国热带农业科学院南亚热带作物研究所/农业部热带果树生物学重点实验室

关键词： 荔枝;Dof转录因子;基因家族;生物信息分析;表达分析

期刊名称： 热带生物学报

ISSN： 1674-7054

年卷期： 2021 年 001 期

页码： 7-14

摘要： 单锌指DNA结合蛋白（DNA binding with one finger,Dof）是植物中特有的一类转录因子,在植物生长发育与非生物胁迫响应中发挥非常重要的作用。利用妃子笑荔枝果实发育RNA-seq数据库,采用生物信息学分析方法,对荔枝Dof（LcDof）基因家族的基本理化特性,亚细胞定位,蛋白质保守结构域,进化关系等进行分析,同时对LcDof基因家族在果实发育中的表达情况进行分析。结果表明:荔枝中包含有19个LcDof基因家族成员,LcDof编码蛋白范围在157～497个氨基酸残基（Amino acid, aa）,对应的分子量为17.70～54.35 kDa,等电点（pI）范围为4.49～9.42;预测LcDof家族成员亚细胞定位均定位于细胞核。系统进化关系分析表明,LcDof基因家族分为4组（GroupⅠ～GroupⅣ）,LcDof在不同发育阶段的表达模式不同,其中LcDof7、LcDof9、LcDof12、LcDof15在果肉不同发育时期表达量较高,而LcDof3、LcDof10、LcDof16、LcDof17、LcDof19表达量较低。

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