文献类型： 中文期刊

作者： 孙擘 ¹ ; 王蕊 ¹ ; 霍永学 ¹ ; 葛建镕 ¹ ; 匡猛 ² ; 王凤格 ¹ ;

作者机构： 1.北京市农林科学院玉米研究所农业农村部农作物DNA指纹创新利用重点实验室(部省共建)玉米DNA指纹及分子育种北京市重点实验室

2.中国农业科学院棉花研究所

关键词： PCR;荧光电泳;通用引物;引物设计

期刊名称： 生物技术通报

ISSN： 1002-5464

年卷期： 2024 年 005 期

页码： 94-102

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】荧光毛细管电泳由于其检测通量高、分辨率高等优点，被广泛应用于个体鉴定、品种鉴定、物种鉴定等多种应用场景中。尾巴序列为荧光毛细管电泳平台的广泛应用提供了高效的解决方案。为解决已有尾巴序列无法满足多物种使用需求，本研究基于编码转译技术开发高效的通用尾巴序列（universal tailed-sequence,UTS）设计工具。基于此工具设计通用尾巴序列，构建适合多作物的通用型PCR体系和程序，提高荧光电泳通量和灵活性。【方法】基于编码转译技术开发高效的通用尾巴序列设计工具，并对3 755个常用汉字进行编码转译，并设置序列GC含量、发卡结构及同源引物二聚体退火温度等筛选条件得到符合条件的UTS。使用BLAST工具对通用尾巴序列设计工具生成的UTS在多种生物基因组上进行同源性评估，并在玉米、番茄、辣椒、西瓜等作物上进行实验评估，构建物种通用型实验体系及程序。【结果】通过设计工具编码转译并筛选共得到7 436 833个高质量的候选UTS，占所有字组的52.74%。挑选6个UTS在20个作物基因组上的BLAST结果显示其与M13相比具有更好的特异性。通过对通用引物扩增程序进行优化，使通用引物在多个物种上的扩增成功率达到或超过95%，并具有较强的稳定性。【结论】利用编码转译技术开发通用尾巴序列，并为其搭配物种通用型扩增体系和程序，提供一种通量高、成本低的荧光电泳通用检测方法。