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利用GoldenGate分析的高通量SNP芯片对鲤基因进行分型

文献类型： 中文期刊

作者： 张晓峰 1 ; 郑先虎 1 ; 匡友谊 1 ; 李超 1 ; 鲁翠云 1 ; 孙效文 1 ;

作者机构： 1.中国水产科学研究院黑龙江水产研究所淡水鱼类育种国家地方联合工程实验室

关键词： 单核苷酸多态(SNP);鲤;遗传多样性;Golden Gate分析;高通量

期刊名称： 水产学杂志

ISSN： 1005-3832

年卷期： 2016 年 29 卷 06 期

页码： 19-25

摘要： 单核苷酸多态性(SNPs)标记在大多数物种基因组中数量巨大且分布均匀,是许多水产物种遗传研究的理想标记,因此快速发展了几种高通量、快速的SNP标记分型平台。本研究利用Golden Gate分析技术对鲤Cyprinus carpio转录组测序的1 536个SNP标记合成了一张中等密度SNP芯片,对5个鲤群体的480份样本进行基因分型。结果表明:1 235个SNP标记成功分型,约占80%;915个标记至少在一个家系中呈现多态性,占74.1%;标记最小等位基因频率(MAF)介于0.05~0.5之间,平均为0.334,其中48.9%的标记最小等位基因频率(MAF)大于平均值;5个群体中SNP标记平均多态性信息含量(PIC)在0.3左右,为中度多态,杂合度为0.010~0.990,平均为0.5左右,暗示群体具有丰富的遗传多态性,育种价值及性状改良潜力很大。本研究分型的多态性SNP标记可广泛应用于遗传多样性研究、标记-性状关联分析以及分子标记辅助育种。

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