文献类型： 中文期刊
作者： 黄勇 1 ; 龚望宝 1 ; 陈海刚 1 ; 熊建利 1 ; 孙西红 1 ;
作者机构： 1.河南科技大学动物科技学院;中国水产科学研究院珠江水产研究所;中国水产科学研究院南海水产研究所广东省渔业生态环境重点实验室
关键词： 大口黑鲈;转录组;unigenes;基因注释
期刊名称： 南方水产科学
ISSN： 2095-0780
年卷期： 2019 年 01 期
页码： 106-112
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 文章以大口黑鲈(Micropterus salmoides)组织作为研究对象,利用RNA-seq技术进行转录本测序和数据分析,经拼接组装,最终获得35 659条unigenes,序列平均长度738 bp,序列长度中位数(N50)为1 052 bp。另外从长度分布与GC含量等方面对unigenes进行评估,数据显示测序质量好、可信度高。使用6大数据库(KOG、Nr、Pfam、Swiss-Prot、GO和KEGG)注释大口黑鲈转录组unigenes,分别对应有15 832、21 279、14 524、16 973、15 024和11 185条unigenes获得注释。其中,5 617条unigenes在以上所有数据库中同时注释成功,17 253条unigenes至少被一个数据库注释。KEGG分析结果显示,获得注释的11 185条unigenes被划分到267个代谢通路中,参与信号转导通路的unigenes数量最多,共有1 349条(12.06%)。另外还检测到4 030个微卫星(SSR)位点。通过对大口黑鲈转录组测序,获得了大量的转录组信息,为大口黑鲈的功能基因克隆、基因组学、遗传多样性分析、分子标记开发及遗传改良等研究奠定了基础。
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