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120日龄文昌鸡RNA-Seq基因结构及SNP分析

文献类型： 中文期刊

作者： 顾丽红 1 ; 李金明 1 ; 张细权 1 ; 邱峰芳 1 ; 邢增杨 1 ; 林哲敏 1 ;

作者机构： 1.海南省农业科学院畜牧兽医研究所;海南大学热带农林学院;华南农业大学;东华理工大学;文昌龙泉文昌鸡实业有限公司

关键词： 文昌鸡;RNA测序;可变剪接;单核苷酸多态性;新转录本

期刊名称： 中国家禽

ISSN： 1004-6364

年卷期： 2019 年 12 期

页码： 5-11

收录情况： 北大核心

摘要： 为了深入挖掘文昌鸡RNA-Seq数据,进一步完善文昌鸡基因组的注释信息,试验采用生物信息学的方法对120日龄文昌鸡的高质量序列(Clean data)数据进行单核苷酸多态性(SNP)的查找、可变剪接(AS)筛查、基因结构优化和新转录本预测。结果共得到78 564个可靠的SNP位点,22 227个可变剪接,优化基因9 546个,预测新转录本593个。研究结果为文昌鸡分子育种提供了新的靶点。

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