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中国明对虾基因组串联重复序列分析

文献类型： 中文期刊

作者： 孔杰 1 ; 高焕 2 ;

作者机构： 1.农业部海洋渔业资源可持续利用重点开放实验室

2.中国科学院海洋研究所

关键词： 串联重复序列;微卫星;小卫星;中国明对虾;基因组

期刊名称： 科学通报

ISSN： 0023-074X

年卷期： 2005 年 50 卷 13 期

页码： 1340-1347

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 串联重复序列包括微卫星和小卫星重复序列,前者的重复单位长度为1~6bp,后者的重复单位长度在7bp以上.通过对中国明对虾884kb总长度的随机基因组DNA序列的分析,从中共找到了2159个串联分布的重复序列,其中微卫星序列1714个,占总重复序列的79.4%,小卫星序列445个,占总重复序列的20.6%.这些重复序列的总长度为116685bp,占总序列的比例为13.2%,其中微卫星序列长度占9.78%,小卫星序列长度占3.42%.依据重复序列数目的多少,前20种重复序列类型依次是:AT(557个)、AC(471个)、AG(274个)、AAT(92个)、A(56个)、AAG(28个)、ATC(27个)、ATAG(27个)、AGG(18个)、ACT(15个)、C(11个)、AAC(11个)、ACAT(11个)、CAGA(10个)、AGAA(9个)、AGGG(7个)、CAAA(7个)、CGCA(6个)、ATAA(6个)、AGAGAA(6个).其中两碱基重复序列,无论是在数目还是在序列长度上,都占有绝对的优势,而五碱基重复序列的数目和种类都很少,只发现了AGAGA,GAGGC,AAAGA3种;同时发现由7,11,13等数学上称为质数的长度重复单位所组成的重复序列的数目和种类都要比其两边的重复序列的种类和数量要少.

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