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葡萄miR164家族生物信息学分析及靶基因预测

文献类型： 中文期刊

作者： 王丽丽 1 ; 葛金涛 1 ; 刘兴满 1 ; 赵统利 1 ;

作者机构： 1.连云港市农业科学院

关键词： 葡萄;miR164;靶基因;抗逆;生物信息学

期刊名称： 浙江农业学报

ISSN： 1004-1524

年卷期： 2016 年 28 卷 03 期

页码： 441-446

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： MicroRNAs(miRNAs)对植物抗逆及生长发育过程起着重要的调控作用,而miR164是植物特有的miRNA,它对应的靶基因主要是NAC转录因子家族。采用生物信息学方法对葡萄以及其他几个物种的miR164家族成员前体进行进化分析、前体二级结构预测、成熟序列碱基保守性分析以及在葡萄NAC转录因子家族71个成员中进行靶基因预测分析。结果表明:葡萄miR164家族成员的前体序列与双子叶植物聚在一个分支,符合进化规律;葡萄miR164家族4个成员前体序列均可形成稳定的二级茎环结构,成熟序列的碱基保守性较高;葡萄miR164家族成员对应的NAC家族靶基因有2个(GSVIVT01007982001与GSVIVT01020478001),经在NCBI进行BLAST分析,发现均与植物的根发育相关。这暗示着葡萄miR164家族与其靶基因在植物的抗逆过程中发挥重要的调控作用。

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