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虾虎鱼科(Gobiidae)基因组微卫星DNA的分布特征

文献类型： 中文期刊

作者： 白翠翠 1 ; 柳淑芳 2 ; 庄志猛 3 ;

作者机构： 1.农业部海洋渔业可持续发展重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所

2.青岛海洋科学与技术国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室

3.山东农业大学

关键词： 虾虎鱼科;微卫星;基因组

期刊名称： 渔业科学进展

ISSN： 2095-9869

年卷期： 2016 年 37 卷 05 期

页码： 9-15

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了解虾虎鱼科(Gobiidae)鱼类基因组遗传结构特征,本研究自主开发矛尾复虾虎鱼(Synechogobius hasta)微卫星序列153条,结合从Gen Bank中筛选出的虾虎鱼科微卫星序列535条,合计686条微卫星序列,隶属于19种虾虎鱼,序列总长度为295062 bp,包含473个微卫星位点,微卫星位点累计长度为33370 bp。统计微卫星重复类型,发现在所有微卫星重复类型中以二碱基重复出现次数最多,位点数为361个,占总微卫星的76.32%,其中,重复拷贝类别最多的是AC(340个),占全部微卫星的71.88%,占二碱基重复微卫星的94.18%,在二碱基重复类型中没有发现AT和GC两种重复类型。三碱基重复位点数为35个,占总微卫星的7.4%,其中以ACT重复拷贝类别最多(12个),占三碱基重复微卫星的34.29%。四碱基重复位点数为68个,其中以CTAT重复最多(31个),占总微卫星的14.38%。五碱基重复类型中只有TCTGG和ATCTA两种类型,只占全部微卫星的0.42%。六碱基重复7个,占总微卫星的1.48%,六碱基重复中各重复类型出现次数相当。在所有微卫星重复类型中没有发现单核苷酸重复类型。

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