文献类型： 中文期刊

作者： 戴超辉 ¹ ; 崔乐康 ² ; 李辉 ¹ ; 赵为民 ¹ ; 付言峰 ¹ ; 李碧侠 ¹ ; 王学敏 ¹ ; 廖超 ¹ ; 陈彦羽 ³ ; 包文斌 ² ; 程金花 ¹ ;

作者机构： 1.江苏省农业科学院畜牧研究所/农业农村部种养结合重点实验室/江苏省农业种质资源保护与利用平台

2.扬州大学动物科学与技术学院

3.南京瑞源生物技术有限公司

关键词： 猪;ROH;CLR;iHS;选择信号

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2024 年 55 卷 012 期

页码： 5452-5463

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在明确苏山猪群体和巴克夏猪群体的遗传变异位点和多态信息，本研究首先对43个苏山猪样本和21个巴克夏猪样本进行DNA提取，然后利用“中芯一号”50K SNP芯片对DNA的SNP位点进行检测；使用Plink软件对SNP位点进行主成分分析；使用DetectRUNS软件包对样本进行全基因组ROH检测；选用3种方法（ROH、CLR和iHS）对选择信号进行分析。本研究总共鉴定到苏山猪42 282个SNPs位点和巴克夏猪27 718个SNPs位点。其中，苏山猪和巴克夏猪均被划分为3个家系。本研究在苏山猪中共检测到2 071个ROH片段，F_ROH平均值为0.096。巴克夏猪中共检测到1 853个ROH片段，F_ROH平均值为0.199。在苏山猪和巴克夏猪群体中分别检测到4个和40个高频ROH区域，分别注释到8个和103个基因，通过富集分析鉴定了50个显著的候选基因。另外，通过ROH、CLR和iHS共3种选择信号分析方法，对苏山猪和巴克夏猪的选择信号区域进行了鉴定，发现有42个基因可能受到选择。本研究初步揭示了苏山猪和巴克夏猪的基因组SNP图谱，并通过高频ROH分析和选择信号检测鉴定到一些可能影响猪的生长发育、肉质、营养和一般抗病力的基因，为苏山猪和巴克夏猪的选育利用提供了理论基础。