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葡萄miR159家族生物信息学分析及靶基因预测分析

文献类型： 中文期刊

作者： 葛金涛 1 ; 王丽丽 2 ; 赵统利 2 ; 刘兴满 3 ;

作者机构： 1.江苏省连云港市农业科学院

2.;江苏省连云港市农业科学院

3.;江苏省连云港市农业科学院;

关键词： 葡萄;miR159;基因家族;分子进化;靶基因预测

期刊名称： 江西农业学报

ISSN： 1001-8581

年卷期： 2018 年 02 期

页码： 21-25

摘要： 为了研究葡萄miR159基因家族在葡萄生长发育过程中发挥的作用,利用生物信息学工具和方法,对葡萄miR159家族成员进行了基因定位、前体序列二级结构预测、成熟序列保守性分析、靶基因及其功能预测以及系谱进化分析。结果显示:在葡萄miR159家族成员中vvi-miR159a和vvi-miR159b两个成员均分布在染色体15上,vvi-miR159c分布在染色体17上;葡萄miR159家族成员基本上符合进化规律;葡萄miR159家族成员的前体均可形成稳定的茎环结构,且其成熟序列都产生于其前体茎环结构的5'端臂上,其碱基序列保守性较高;葡萄miR159家族对应的靶基因主要有两个(GSVIVT01012447001与GSVIVT01037362001),经BLAST分析,主要为GAMYB转录因子家族。

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