文献类型： 中文期刊
作者： 陈双双 1 ; 齐香玉 1 ; 冯景 1 ; 王华娣 2 ; 邓衍明 1 ;
作者机构： 1.江苏省农业科学院休闲农业研究所/江苏省高效园艺作物遗传改良重点实验室
2.江苏大学生命科学学院
关键词： 绣球;基因组大小;流式细胞术;K-mer分析;Survey技术
期刊名称： 江苏农业科学
ISSN： 1002-1302
年卷期： 2021 年 012 期
页码： 39-44
收录情况： 北大核心
摘要： 绣球花序饱满、花型多样、花色丰富,是重要的观赏植物。很多绣球品种种植在酸性含铝的土壤中时,花序可由红色变为蓝色、紫色或蓝紫色,使其更受消费者喜爱。但绣球基因组信息缺乏,基因资源开发和分子机制研究相对滞后。利用流式细胞术和基于K-mer分析的基因组Survey技术估测绣球主栽品种“Bailer”（商品名:Endless SummerTM,中文名译为无尽夏）的基因组大小。流式细胞术分析结果表明,以豌豆（Pisum sativum L.）为对照的流式细胞术估测“Bailer”基因组大小为2.17 pg（约2.12 Gb）;Illumina HiSeq PE测序产生212.41 Gb的有效数据,K-mer分析结果显示,修正后的基因组大小为1.96 Gb;根据K-mer分析,该基因组具有明显的杂合峰,杂合度和重复率分别为1.97%、72.80%。此外,经组装,该基因Contigs总数为7 418 139（N50为249 bp）,总读长为1.49 Gb,Scaffolds总数为7 071 975（N50为289 bp）,总读长为1.52 Gb,GC含量为38.75%。综上所述,推测绣球“Bailer”基因组大小约为1.962.12 Gb,属杂合度较高的复杂基因组。结果可为绣球全基因组测序及相关研究提供了理论依据。
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