文献类型： 中文期刊

作者： 梅瑜 ¹ ; 徐世强 ¹ ; 顾艳 ¹ ; 孙铭阳 ¹ ; 周芳 ¹ ; 李静宇 ¹ ; 张闻婷 ¹ ; 王继华 ¹ ;

作者机构： 1.广东省农业科学院作物研究所/广东省农作物遗传改良重点实验室/广东省道地南药资源保护与利用工程中心

关键词： 红脚艾;高通量测序;转录本;SSR;基因注释

期刊名称： 广东农业科学

ISSN： 1004-874X

年卷期： 2021 年 48 卷 012 期

页码： 174-180

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]利用高通量测序技术解析红脚艾(Artemisia rubripes Nakai)的转录组信息特征.[方法]通过高通量测序平台Illumina HiSeq 2500对红脚艾进行转录组测序,通过Trinity软件de novo组装获得Unigene,并基于序列同源性对Unigene进行功能注释,得到红脚艾的转录组信息.[结果]测序数据经过质控后共获得24126043条高质量的reads,通过de novo组装获得173093个转录本,对组装的转录本去冗余后共获得85991个Unigene,平均长度为616.87 bp,N50为925 bp.共有47216个Unigene在NR、KEGG、COG、KOG、GO数据库获得功能注释,40802个Unigene在NR数据库注释,显示红脚艾与向日葵(Helianthus annuus)的单基因匹配率最高,16846个Unigene被KEGG数据库注释到130条代谢途径中,26171个Unigene被注释到25个KOG功能分类中,23203个Unigene被GO注释到生物过程、细胞组成和分子功能三大类51个功能分类,12810个Unigene被注释到25个COG功能分类中.[结论]利用高通量测序技术获得了红脚艾转录组信息特征,这些数据将为后期开展功能基因鉴定、解析化合物次生代谢途径及其调控机制奠定研究基础.