文献类型： 中文期刊

作者： 孙海林 ¹ ; 孙成飞 ¹ ; 董浚键 ¹ ; 田园园 ¹ ; 胡婕 ¹ ; 叶星 ¹ ;

作者机构： 1.中国水产科学研究院珠江水产研究所农业农村部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室;上海海洋大学水产与生命学院

关键词： 翘嘴鳜;转录组;SSR;遗传多样性

期刊名称： 基因组学与应用生物学

ISSN： 1674-568X

年卷期： 2019 年 10 期

页码： 4413-4421

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为探讨翘嘴鳜转录组测序及SSR位点的分布和序列特征,为翘嘴鳜的SSR新标记开发及遗传研究提供便利,本研究利用高通量测序技术平台Illumina HiSeq 2500对翘嘴鳜(Sinipreca chuatsi)肌肉组织进行转录组测序及数据组装和分析,并对获得的Unigenes进行SSR检索和分析。研究共获得41 533 736条高质量Reads,组装为138 728条平均长度为808.94 bp的非冗余Unigenes,其中57 009条(41.09%) Unigenes至少于4个蛋白数据库(Nr, Swissprot, KEGG和COG)中的一个库内获得注释,7 125条(5.14%) Unigenes在4个数据库中均获得注释。采用Misa、mreps和trf软件对上述138 728条Unigenes进行检索,3个软件均能检索到的SSR位点共4 692个,分布于4 662条Unigenes,出现频率为3.36%。其优势重复基元为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占转录组总SSR的62.66%、24.87%、10.83%。二核苷酸重复基元中又以AC (CA)/GT (TG)为优势重复基元,三核苷酸重复基元则以AGG (GGA, GAG)/CCT (CTC, TCC)为主。使用Primer 5.0对这4 962条SSR序列进行引物设计,随机选取80对进行扩增有效性和产物多态性检验。结果显示41对引物可以扩增得到清晰稳定的目标条带,有效扩增率为51.25%;其中23对可扩增得到稳定可重复的多态性产物。利用此23个SSR位点对24份翘嘴鳜材料进行遗传参数分析,期望杂合度(He)和多态信息含量(I)分别为0.198～0.888和0.175～0.857。本研究结果表明,翘嘴鳜转录组测序产生的Unigenes信息既可实现批量功能基因的挖掘,也可作为SSR标记开发的有效来源;新开发的翘嘴鳜SSR位点可应用于翘嘴鳜的遗传多样性分析、种质资源保护以及遗传育种等研究。