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陆地棉TCP家族基因鉴定及组织表达分析

文献类型： 中文期刊

作者： 胡文冉 1 ; 赵准 1 ; 邵武奎 1 ; 黄全生 1 ;

作者机构： 1.新疆农业科学院核技术生物技术研究所/新疆农作物生物技术重点实验室

关键词： 陆地棉;TCP基因;基因家族鉴定;生物信息学;特异性表达

期刊名称： 新疆农业科学

ISSN： 1001-4330

年卷期： 2023 年 60 卷 011 期

页码： 2627-2637

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]鉴定、分析陆地棉TCP家族基因,为进一步研究TCP基因在棉花植株内的生物学功能奠定基础.[方法]基于2019年最新组装的陆地棉TM-1参考基因组,通过Pfam网站获取TCP家族HMM模型文件,使用HMMER网站鉴定陆地棉TCP基因,CottonFGD网站获取陆地棉TCP基因组蛋白序列.利用MapIn-spect进行染色体定位、MEGA 7.0进行多序列比对聚类分析、MEME网站motif预测、TBtools软件鉴定基因结构以及陆地棉TCP基因组织特异性表达分析.[结果]共鉴定出63个陆地棉TCP基因,其中39个Class Ⅰ亚族,24个Class Ⅱ亚族;Class Ⅱ亚族中包括17个CIN亚类,7个CYC/TB1亚类.染色体定位发现该63个TCP基因在陆地棉22条染色体上均有分布,其中A组染色体上分布有33个基因、D组上分布有30个基因.所有TCP蛋白均包含TCP结构域.TCP基因外显子、内含子结构及长度在同一亚家族内具有相似性.TCP家族基因中有12个基因在陆地棉纤维中优势表达,32个基因在花器官中优势表达,16个基因在营养器官:根、茎和叶中优势表达.[结论]获得了与陆地棉生长发育相关的TCP基因.

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