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紫花苜蓿耐苏打盐碱相关基因的转录组学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 李红 1 ; 李波 1 ; 邬婷婷 1 ; 杨曌 1 ; 方志坚 1 ; 焦德志 1 ; 孙婴宁 1 ;

作者机构： 1.黑龙江省农业科学院畜牧兽医分院

关键词： 紫花苜蓿;苏打盐碱;RNA-Seq测序;功能分类;SSR分析;qRT-PCR验证

期刊名称： 草地学报

ISSN： 1007-0435

年卷期： 2019 年 004 期

页码： 848-858

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了揭示紫花苜蓿适应苏打盐碱环境胁迫机制,本试验采用Illumina HiSeq 4000测序技术对紫花苜蓿叶片进行转录组测序并对基因进行功能预测,测序共获得91 853个Unigenes,总碱基数为65 369 474bp.Unigenes序列长度分布显示,测序质量较好,可信度高,其中,45 540个Unigenes与其它生物的基因有不同程度的同源性,通过GO,COG及KEGG数据库注释,将Unigenes具体定位到次生代谢物的生物合成途径、抗生素合成途径、光合作用途径等.紫花苜蓿叶片苏打盐碱胁迫响应中GH3,MYB,HSF等转录因子均发生不同程度的上调,而EREBP转录因子总体受到抑制,同时候选了4CL,PP2C基因及相关转录因子.从91 853个Unigenes中共检测到10 949个SSR位点,包括6类核苷酸基序,A/T出现频率最高,其次为AG/CT和AAG/CTT.qRT-PCR荧光定量检测5个基因的表达趋势与RNA-Seq分析结果一致,证明RNA-Seq测序的可靠性.本研究通过对紫花苜蓿转录组研究,为优质牧草的分子生物学研究提供数据库来源.

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