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基于高通量测序的青花菜KASP标记开发与应用

文献类型: 中文期刊

作者: 张振超 1 ; 陶美奇 1 ; 潘永飞 1 ; 孙国胜 1 ; 王传友 2 ; 安林海 2 ; 戴忠良 1 ;

作者机构: 1.江苏丘陵地区镇江农业科学研究所

2.镇江市农业农村局

关键词: 高通量测序;竞争性等位基因特异性PCR;指纹图谱;纯度鉴定;分子标记

期刊名称: 核农学报

ISSN: 1000-8551

年卷期: 2025 年 39 卷 003 期

页码: 513-524

收录情况: 北大核心 ; CSCD

摘要: 为提高青花菜分子标记辅助育种水平,本研究基于高通量测序数据开发了70组KASP标记,并采用KASP检测平台对43份青花菜试验材料进行分型,根据分型结果筛选出分型效果好、多态性高的标记,用于指纹图谱构建、遗传关系确定和纯度鉴定。结果表明,70组KASP标记中,未分型成功有3个,未分型材料>5份有13个,多态性差的有6个,分型成功48个(成功率68.6%)。48个标记中,多态性信息含量(PIC)值≥0.30的标记有37个(占比77.08%),其中PIC值为0.37的标记数量最多,为11个,0.38的标记有3个。将48个标记的分型结果转化为二元编码数据,获得了43份青花菜育种材料的SNP-DNA指纹图谱。聚类分析结果发现,Br05与其他材料的遗传关系较远;Br12和Br19、Br33和Br34之间遗传系数均为100,Br14和Br32的遗传系数为99,表明两两间为同一株系的可能性大,这与在田间的表型观察结果基本一致。10组标记对30株Br19的一致性进行鉴定,发现纯度值区间为83.3%~96.7%,说明Br19株系间存在差异;采用10组标记对亲本Br19、Br35和杂交种F1(Br19×Br35)进行基因分型,结果有5个标记(SNP07、SNP09、SNP10、SNP11和SNP19)在三者间的分型结果不同,可用于杂交制种田F1(Br19×Br35)种子纯度鉴定。本研究结果对青花菜种质资源鉴定、分子标记辅助育种与新品种保护具有重要的应用价值。

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