文献类型： 中文期刊

作者： 邰如玉 ¹ ; 许建 ¹ ; 江炎亮 ¹ ; 张瀚元 ¹ ; 白庆利 ¹ ; 杨世勇 ¹ ; 徐鹏 ¹ ; 赵紫霞 ¹ ;

作者机构： 1.上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心;中国水产科学研究院农业农村部水生动物基因组学重点实验室渔业生物技术北京市重点实验室;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所;四川农业大学动物科技学院;厦门大学海洋与地球学院福建省海洋生物资源开发利用协同创新中心

关键词： 鲑科鱼类;单核苷酸多态性芯片;亲权鉴定;群体遗传

期刊名称： 渔业科学进展

ISSN： 2095-9869

年卷期： 2019 年 01 期

页码： 53-61

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为开发常见鲑鳟养殖物种通用的遗传分析工具,本研究利用Affymetrix虹鳟(Oncorhynchus mykiss) 57K高通量单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)芯片,对国内代表性鲑鳟养殖群体开展了分型检测,包括山女鳟(Oncorhynchus masou masou)、银鲑(Oncorhynchus kisutch)、美洲红点鲑(Salvelinus fontinalis)、白斑红点鲑(Salvelinus leucomaenis) 4个物种,从57,501个SNP标记中筛选出96个共享多态性标记,应用Fluigidm 96.96动态芯片平台,构建了大麻哈鱼属(Oncorhynchus)和红点鲑属(Salvelinus)通用型低通量SNP芯片。该芯片分型结果准确性较高,与Affymetrix高通量芯片分型一致性达到96.55%。使用该芯片对来自6个家系的48尾银鲑个体及其候选亲本进行检测,应用Cervus 3.0.7软件进行亲权鉴定,结果能够准确重现复杂家系的真实系谱。在用于单亲本亲权鉴定时,第一亲本非排除率(Non-exclusion probability for first parent, NE-1P)为4.120×10~(–4);用于双亲本亲权鉴定时,双亲非排除率(Non-exclusion probability for parent pair, NE-PP)低至6.219×10~(–12),表明该芯片在鲑鳟养殖群体系谱鉴定应用中具有较高的准确性。使用该芯片开展4个鲑鳟养殖群体遗传结构分析,样本分群聚类结果与其所属的分类阶元相符,能够准确反映群体遗传组分构成和遗传关系。本研究构建的低通量SNP芯片在常见鲑鳟养殖物种中具有良好的通用性,将其应用于养殖群体遗传分析,能够为鲑鳟制种、育种和引种等科学决策提供基因组信息参考。