文献类型： 中文期刊

作者： 蔡斌 ¹ ; 周军 ¹ ; 李成慧 ² ; 彭日荷 ³ ; 熊爱生 ³ ; 高峰 ³ ; 姚泉洪 ³ ; 章镇 ¹ ;

作者机构： 1.南京农业大学

2.苏州农业职业技术学院

3.上海市农业科学院生物技术研究所

关键词： 分子生物学;NAC;基因家族;杨树;结构域;系谱发生

期刊名称： 中南林业科技大学学报

ISSN： 1673-923X

年卷期： 2009 年 29 卷 04 期

页码： 126-131

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用其他物种的NAC蛋白,构建NAC结构域的位置特异得分矩阵(PSSM).用PSSM搜索整个杨树PopulusL.基因组,获得编码杨树NAC结构域的DNA片段在基因组上的位置信息,然后运用Perl脚本语言从基因组相应位置提取包含基因全长的序列,推测NAC基因的全长、氨基酸序列及其结构特征,并对得到的杨树NAC基因家族进行了系谱发生分析.结果表明:杨树中至少存在132个非冗余的NAC基因,系谱分析表明这些NAC基因归属于14个亚家族,同一亚家族内各基因编码NAC结构域的外显子数量和结合位置的分布具有一定的相似性.