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甘薯近缘种三浅裂野牵牛核基因组密码子分析

文献类型： 中文期刊

作者： 秦桢 1 ; 侯夫云 1 ; 张安 2 ; 李爱贤 1 ; 董顺旭 1 ; 王庆美 1 ;

作者机构： 1.山东省农业科学院 作物研究所/农业部黄淮海薯类科学观测实验站

2.江苏徐州甘薯研究中心

关键词： 三浅裂野牵牛;高频密码子;基因进化

期刊名称： 江苏师范大学学报(自然科学版)

ISSN： 2095-4298

年卷期： 2019 年 37 卷 003 期

页码： 26-30

摘要： 三浅裂野牵牛(Ipomoeatrifida)是甘薯的亲缘关系较近野生种之一.分析了三浅裂野牵牛的32264个具有完整编码框的核基因组基因,长度为165~15273个核苷酸.根据基因在根、茎、叶中的表达量,选择1382个低表达基因和1644个高表达基因.利用CodonW软件分析发现,总基因的密码子有效数(ENC)为53.04,低表达基因的为52.80,高表达基因的为52.01.在总基因、低表达基因和高表达基因中分别发现了3个、9个和5个高频密码子.对低、高表达基因密码子的偏好性分析发现,高表达基因的进化速度低于低表达基因的.研究丰富了植物基因密码子理论,为转基因研究中密码子的优化提供了依据.

  • 相关文献

[1]甘薯近缘种人工合成四倍体的倍性鉴定和减数分裂行为观察. 邓逸桐,王珧,张安,孙建英,戴习彬,孙健,唐君,曹清河. 2020

[2]甘薯近缘野生种三浅裂野牵牛EST资源的SSR信息分析. 贾赵东,马佩勇,郭小丁,谢一芝. 2012

[3]甘薯祖先种三浅裂野牵牛自交不亲和研究进展. 张安,戴习彬,周志林,赵冬兰,唐君,曹清河. 2017

[4]西瓜防御素(ClPDF)基因挖掘及序列分析. 张曼,羊杏平,徐锦华,刘广,姚协丰,李苹芳. 2013

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