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水稻、拟南芥组织特异性启动子的序列特征分析

文献类型： 中文期刊

作者： 姜志磊 1 ; 李淑芳 1 ; 胡庆才 1 ; 龙丽坤 1 ;

作者机构： 1.吉林省农业科学院农业生物技术研究所

关键词： 拟南芥;水稻;基因表达序列标签;顺式作用元件;启动子

期刊名称： 中国农学通报

ISSN： 1000-6850

年卷期： 2013 年 15 期

页码： 142-148

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 基因转录是遗传信息传递和表达的枢纽,确定转录因子与靶基因间的调控关系以及转录因子在靶基因上的结合位点成为理解转录调控机制的核心问题。分析UniGene数据库获得的拟南芥和水稻中根、叶片、花、种子4种组织中特异表达基因和组织中特异不表达基因。从TAIR和RAP-DB获得其启动子序列。利用生物信息学软件MEME预测获得组织特异表达基因的顺式作用元件。利用模式搜索软件FIMO,考察顺式作用元件序列的分布特征。发现了9个组织特异表达基因的顺式作用元件,其中"CCACACA"达到极显著水平。本研究技术和策略可为基因表达调控的机制研究提供参考,获得的顺式作用元件为进一步构建组织特异性表达载体提供基础。

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